كان الشيخ من المؤيدين للخلافة الإسلامية، المؤمنين بوحدة المسلمين تحت راية واحدة، ولكنه خلال تواجده في سورية، وفي بداية الحرب العالمية الأولى، كان لا يخفي ألمه وحسرته أمام مظاهر الضعف والانحلال التي كان يراها تدب في كيان الدولة العثمانية، لذلك عندما قام الوطنيون السوريون خلال الحرب العالمية الأولى سنة ١٩١٦ ضد نظام الحكم العثماني، قام القائد التركي السفّاح جمال باشا بارتكاب مجزرته المشهورة في دمشق ضد رجال العلم والسياسة، فاعدمهم شنقاً، واتهم الشيخ الخضر بتعاطفه مع الوطنيين السوريين، وسجنه لمدة ستة أشهر، وكاد أن يعدم.
وبعد تبرئته وخروجه من السجن، استدعي من طرف الخلافة العثمانية للعمل في وزارة الحربية التركية ككاتب عربي بالآستانة، يشرف على المراسلات الواردة والصادرة من مركز الخلافة العثمانية إلى البلدان العربية والإسلامية المرتبطة بالدولة العثمانية، ثم أرسله الباب العالي بالآستانة في مهمة سياسية إلى ألمانيا التي كانت تربطها بتركيا علاقة تحالف محورية خلال الحرب العالمية الأولى، ورغم الغموض الذي ما زال لم يتضح تماما حول مهمات الشيخ الخضر في ألمانيا، إلا أنها -في الغالب- تتعلق بموضوع الحرب، ولها صلة بقضية تحرير المغرب العربي، وزعزعة نظام الحكم الفرنسي فيه، ونجد في الوثائق: أن الشيخ الخضر كان قد اتصل في "برلين" بالزعيم التونسي محمد باش حامبه، كما يشارك في إمضاء التقرير الذي أرسلته اللجنة التونسية الجزائرية للدفاع عن المغرب العربي إلى مؤتمر الصلح المنعقد في فرنسا سنة ١٩١٧ تحت عنوان:(مطالب الشعب الجزائري التونسي).