وقد شكر طه حسين جهودَ إبراهيم مصطفى، وسعة علمه، فتعرض له الشيخ الخضر حسين بقوله: وهذا التقريظ دائر بين أمرين: إما أن الدكتور طه حسين لم يقرأ هذا الكتاب، وقرّظه مع العاطفة والمبدأ، وإما أنه قرأه، ولضعفه -أي: ضعف طه حسين- في عِلْم العربية بدا له أن هذا الكتاب إحياء لعلم النحو.
ويبدو من مقال "الهداية الإسلامية" أن الشيخ الخضر كان يعتزم تأليف كتاب بالرد على إبراهيم مصطفى، لكن لأن الشيخ محمد عرفة -وهو عالم جليل من علماء الأزهر المصلحين أيضاً- كفاه مؤونة ذلك عندما ألف كتاباً حقق نفس غرضه، وهو "النحو والنحاة بين الأزهر والجامعة".
* خصومة الشيخ محمد الخضر حسين مع الشيخ رشيد رضا:
كان الرجلان متفقين في النظرة إلى اللغة العربية؛ من حيث الدفاعُ عنها باعتبارها وسيلة للتعريف بأصول الدين الإسلامي، وهي لغة القرآن الكريم، والأحاديث النبوية الشريفة، وتزداد الصلة مكانة ومتانة عند صدور كتاب "الإسلام وأصول الحكم" لعلي عبد الرازق، و"في الشعر الجاهلي" لطه حسين، ويقف منهما الشيخ الخضر الموقفَ الذي بيّناه، ويسانده الشيخ رشيد رضا، ويشيد بكتابيه، وبقيمة صاحبهما العلمية والدينية، كما يقرّظ مجلة "الهداية الإسلامية".
كانوا متقفين سوياً، ثم برزت القطيعةُ بينهما عند صدور العدد الأول من مجلة "نور الإسلام"، وما كتبه بشأنها الشيخ رشيد رضا، خاصة لومه على رئيس التحرير الشيخ الخضر؛ لعدم ذكره الشيخ محمد مصطفى المراغي، الذي هو شيخ الأزهر الذي ثبّت الشيخ الخضر حسين في وظيفته بالأزهر