وكانوا من أعوان آل خليفة (الذين كانوا يحكمون قطر سابقًا) ومن قوادهم العسكريين، ومؤسس العائلة هو الشيخ ثاني بن محمد.
بعد انتصار آل خليفة على الفرس وطردهم من بلاد البحرين سنة ١١٩٧ هـ/١٧٨٢ م نقلوا عاصمتهم من قطر إلى المنامة في البحرين، وجعلوا آل ثاني نوابًا عنهم على قطر، فصار محمد بن ثاني تابعًا لآل خليفة لا يتصرف في أمر إلا بموافقتهما ومحمد بن ثاني هو أول من بويع بالإمارة في هذه الأسرة سنة ١٢٦٤ هـ/١٨٤٧ م. وكان ابنه نائبه قاسم يميل إلى الاستقلال والانفصال عن آل خليفة مما جعلهم يقبضون عليه. وقامت حروب بسبب ذلك بين آل ثاني وآل خليفة، وتدخلت بريطانيا، وانتهت المشكلة باتفاقية بين الطرفين، وكانت هذه الاتفاقية أساس استقلال قطر.
بعد الشيخ محمد بن ثاني تولى ابنه الشيخ قاسم بن محمد (١٢٩٥ - ١٣٣١ هـ/١٨٧٨ - ١٩١٣ م) ويعتبر من عظماء الساسة وكبار القادة وهو مؤسس إمارة آل ثاني المستقلة، وقد قضى على مناوئيه، وانتصر على العثمانيين وكان يعارض سياسة الإنجليز بشدة وهو بكل هذه المواقف يعد أعظم قطري في النصف الأول من القرن العشرين (الميلادي).