وفي غالب الحالات يمر المصاب بالفيروس بفترة كمون. أي لا تكون لديه أي أعرضا أو شكوى بينما هو ينقل المرض لغيره (بواسطة الاتصال الجنسي أو الدم) . وتستمر فترة الكمون مدة تتراوح ما بين عدة أشهر وعدة سنوات قد تصل إلى اثني عشر عامًا ... وفي خلال هذه الفترة يتكاثر الفيروس ولكن الخلايا اللمفاوية وخاصة من نوع CD٤ (T٤) تبقى في الحدود الطبيعية.
مرحلة مرض الغدد اللمفاوية المنتشر والمستمر
(Persistent Generalised Lymphad enopathy)
بعد مرور فترة الكمون يظهر على ما يقارب من ٣٠ % من المصابين بفيروس الإيدز تضخم في الغدد اللمفاوية في موضعين أو أكثر (خارج المنطقة الأربية، لأن هذه المنطقة كثيرًا ما تتضخم فيها الغدد اللمفاوية لأسباب أخرى) ويستمر تضخم الغدد لمدة ثلاثة أشهر أو أكثر. وقد لا يصحب ظهور الغدد اللمفاوية أي شكاوى أخرى (ثلث الحالات تقريبًا) بينما يشكو الآخرون من اعتلال في الصحة، وحمى وعرق.
المرحلة المتلازمة المرتبطة بالإيدز (AIDS Related Complex)
تتحول معظم الحالات السابقة إلى هذه المتلازمة التي يظهر فيها نقصان في الوزن (أكثر من ١٠ % من وزن الشخص) ، نقص الصفائح الدموية Thrombcytopenia، ومجموعة من الأمراض الجلدية مثل الحماق النطاقي ودهنية الجلد من عدوى فيروسية مثل الهربس (الحلأ) في الفم والشفة وأعضاء التناسل، والمليساء المعدية molluscum contagiosum؛ كما تظهر فطريات كانديدا (المبيضة) في الفم بالإضافة إلى وجود ابيضاض وشعيرات على اللسان والفم تعرف باسم الطلوان الأشعر بالفم oral hairy leukoplakia. ويصاب بعض المرضى بالإسهال بالإضافة إلى الحمى والعرق وخاصة العرق الليلي.
عند ظهور هذه الأعراض المصاحبة تكون الخلايا اللمفاوية المناعية من نوع (CD٤) T٤ وقد وصلت إلى ٤٠٠ خلية في كل مليلتر من الدم.