وتسعى إدارة الأوقاف الأردنية إلى تطوير عملها وتحديثه باستمرار، فاستحدثت المديريات المتعددة والأقسام المتخصصة والشعب المتنوعة وفق هيكل تنظيمي متميز يوضح طبيعة هذه المؤسسة المتميزة وحجم عملها النامي وتنوع نشاطاتها الشامل، كما أنشأت فيها مديريات للرقابة والتفتيش، ويوالي ديوان المحاسبة وديوان الرقابة والتفتيش جهدهما للنهوض بمؤسسة الوقف والاطمئنان على سلامة قيامها بأعمالها، كما جرى دعم جهازها بالكفاءات المتنوعة التي تشمل الإداريين المؤهلين والاقتصاديين القادرين والإعلاميين الواعين.. ووفرت لفعاليات الأوقاف التجهيزات الإدارية الحديثة في مجال الحوسبة وتنظيم الملفات والفهرسة والاحتياجات المكتبية والاتصال والتنقل وغيرها.
كما حرصت على أن يكون العمل مؤسسيًّا مقعداً وفق تشريعات واضحة للنهوض بالعمل باستمرار، ويتم أيضاً تطوير المهارات والقدرات لدى العاملين بالبعثات العلمية والدورات التدريبية المتنوعة، مما يحقق التطوير في الأداء والممارسة في جميع حقوق الأوقاف.
وتفرض الطبيعة الخاصة للوقف توجهات وإجراءات خاصة للوزارة في هذا المجال وغيره، فالأراضي والعقارات الوقفية لا يجوز بيعها والتصرف في ملكيتها، ولا بد من تنميتها واستثمارها مع المحافظة على وقفيتها، بما يتطلب منهجاً خاصًّا في مجال الاستثمار والتنمية يحتاج إلى صيغ خاصة وإجراءات متميزة.. كما يتطلب تنوع مجالات عمل الوزارة وتعدد ميادين اختصاصها توافر كفاءات خاصة متنوعة للإشراف على هذه الأعمال وإدارتها.. وقد شغل هذا الأمر الوزارة منذ فترة طويلة وقد وضعت خططاً وبرامج لتحقيق كل ذلك.
ومن المشكلات التي تحتاج إلى معالجة متأنية انصراف الناس عن وقف بعض أموالهم لجهات الخير المتعددة، واكتفاء كثير منهم ببناء المساجد فقط دون تخصيص أوقاف لهذه المساجد كما كان يفعل سلفنا الصالح.. وقد حرصت الوزارة على الاستفادة من هذا التوجه عند المواطنين بحثهم على تقديم أوقاف على هذه المساجد بالإضافة إلى الاهتمام ببناء المساجد، بحيث يحتوي على فعاليات عديدة تخدم رسالته وتجعل من المسجد وملحقاته نقطة استقطاب للمنطقة التي يبنى فيها المساجد، يجد الناس فيه مصلى للرجال وآخر للنساء، وفي ملحقاته مكتبة ودارًا للقرآن الكريم، وقاعة متعددة الأغراض، ومركزاً صحيا، ومدرسة وروضة للأطفال ... وغير ذلك وفق الإمكانيات المتاحة وفي إطار تأمين الممكن من هذه الملحقات.