ونعني بجذر الكلمة حروفها الأصلية التي تحمل معناها الأساسي، والتي لا تغيب في جميع مشتقات الكلمة أو تصريفاتها. وبلغ عدد هذه الجذور في معجمنا ١٨٧٣ جذرًا لمجموع كلماته التي زادت على السبعين ألفًا.
وقد راعينا بالنسبة للجذر ما يأتي:
١- كتابة الكلمات التي يصعب على المستخدم العادي معرفة أصلها - كتابتها مرتين، إحداهما تحت الشكل المتوهَّم، والثانية تحت الشكل الحقيقي. (انظر: قواعد عامة) .
٢- وضع أنواع من الكلمات تحت لفظها دون حذف شيء منها، ويشمل ذلك الكلمات الأعجمية، مثل:"إستبرق"، والأعلام غير العربية، مثل:"آزر" و"إبراهيم"، والأسماء المبنية والأدوات، مثل:"هؤلاء"، و"ذلك"، و"إذا"، و"ألا"، وغيرها.
٣- التفريق بين الواوي واليائي من الكلمات حتى لو اتفق شكل الكلمتين، مثل:(زول) : {وَلَئِنْ زَالَتَا إِنْ أَمْسَكَهُمَا مِنْ أَحَدٍ مِنْ بَعْدِهِ}(فاطر: ٤١) ، و (زيل) : {فَمَا زَالَتْ تِلْكَ دَعْوَاهُمْ}(الأنبياء: ١٥) .
٤-اعتبرنا الملحق بالرباعي من الثلاثي - بعد حذف واوه أو يائه، مثل:"كوثر" ماعدا الكلمات التي تكرر حرفاها الأولان، مثل:"كوكب"، فقد اعتبرناها من الرباعي، حتى لا يخرج اللفظ عن النمط العربي الذي لا يسمح بمجيء فاء الكلمة وعينها على حرف واحد.
٥- رتبت الجذور فيما بينها ترتيبًا ألفبائيًا، (انظر: قواعد عامة) .