إن الجزء الذي بين أيدينا من كتاب السؤالات هو من نسخة فريدة، ولم أعثر على أية نسخة أخرى بعد مطالعة فهارس المخطوطات في المكتبات الأخرى، وقد أشير في تاريخ الأدب العربي لكارل بروكلمان، وتاريخ التراث العربي لفؤاد سزكين إلى وجود نسخة أخرى في المكتبة الوطنية بباريس، وبعد الحصول على النسخة المذكورة تبيّن أنها تشتمل على الجزء الرابع والخامس من كتاب السؤالات، وبنفس الخط الذي كتب به الثالث، أي أن هذين الجزأين يتممان قسماً من النسخة الموجودة لدي بعينها. ولهذا فقد اعتمدت النسخة الفريدة والتي هي من مخطوطات مكتبة كابرولي في تركيا والمودعة تحت رقم ٢٩٢) ، والجزء بعينه مصور في مكتبة الجامعة الإسلامية، ولم أقف على الأصل.
أما عدد أجزاء هذا الكتاب، فالذي ظهر لي أنها تزيد على خمسة أجزاء، وهذا ما يفيده ما كتب في آخر ورقة من أوراق الجزء الخامس حيث قال: آخر الجزء الثاني من الأصل وأول الثالث منه إلى أن قال: ويتلوه في ثالثه أخبرنا الشيخ الأوحد، ثم أخذ بذكر سند النسخة كعادته في نهاية كل جزء وأوله، كما أن الجزأين الأول والثاني لم أقف عليهما. والظاهر من هذا الترتيب للأجزاء أن الناسخ قد جزء الكتاب تجزئة تختلف عن تجزئة الكتاب أصلاً.
على أن الذي يقرأ ما كتب آخر الأجزاء الثلاثة الموجودة الآن وهي الثالث والرابع والخامس يخيل إليه أن ترتيب الكتاب غير سليم. فهذا هو الناسخ يقول في آخر الجزء الثالث - وهو المحقق - آخر الثالث من الأصل وأول الرابع منه يتلوه إن شاء الله في أول رابع يليه منه أخبرنا الشيخ الأوحد، ثم ذكر سند