روى عن محمد بن أبي حاتم سار يعني محمد بن إسماعيل البخاري إلى بستان بعض أصحابه (...) صلى بالقوم ثم قام للتطوع وأطال القيام، فلما فرغ من صلاته رفع ذيل قميصه، فقال لبعض من معه: انظر هل ترى تحت قميصي شيئًا، وإذا زنبورًا قد أبره في ستة عشر أو سبعة عشر موضعًا، وقد تورم من ذلك جسده، وكان أثر الزنبور في جسده ظاهرًا، فقال له بعضهم: كيف لم تخرج من الصلاة في أول ما أبرك؟ قال: كنت في سورة فأحببت أن أتمها.
وروى عن حفص بن عمر الأشقر قال: كنا مع محمد بن إسماعيل البخاري بالبصرة نكتب الحديث ففقدناه يومًا فطلبناه، فوجدناه في بيت وهو عريان وقد نفد ما عنده ولم يبق معه شيء، فاجتمعنا وجمعنا له الدراهم حتى اشترينا ثوبًا وكسوناه، ثم اندفع معنا في كتابة الحديث.
وروي عن أبي عبد الله البخاري ـ رحمه الله ـ أنه قال: إني لأرجو أن ألقى الله تعالى ولا يحاسبني أن اغتبت أحدًا.
وقال أبو أحمد بن عدي: سمعت محمد بن يوسف بن بشر الفربري يقول: سمعت النجم بن فضل وكان من أهل المعرفة والفضل يقول: رأيت النبي ـ صلى الله عليه وسلم ـ في المنام وقد خرج من باب ماشيًا في قرية ببخاري وخلفه محمد بن إسماعيل البخاري، فكلما خطا النبي ـ صلى الله عليه وسلم ـ خطوة خطا محمد بن إسماعيل خطوة النبي ـ صلى الله علي وسلم ـ ووضع قدمه على موضع قدم النبي عليه العلم.
قال: وسمعت عبد القدوس بن همام يقول سمعت عدة من المشايخ يقولون: (حاول) محمد بن إسماعيل البخاري تراجم بين [قبر]ـ صلى الله عليه وسلم ـ ومنبره وكان يصلي لكل ترجمة ركعتين.
قال محمد: وروى عن أبي الهيثم الكشميهني قال: سمعت محمد بن يوسف الفربري يقول: قال لي محمد بن إسماعيل البخاري: ما وضعت في كتاب الصحيح حديثًا إلا اغتسلت قبل ذلك وصليت ركعتين.