بعد قراءة كتب الشيخ - رحمه الله - صنفت ما اشتملت عليه من موضوعات إلى ثمانية وعشرين فهرسًا، وهي كمايلي:
١ - فهرس الآيات المفسرة في أضواء البيان وغيره من كتب الشيخ، ما عدا الآيات المفسرة في العذب النمير ودفع إيهام الاضطراب فلهما فهرس مستقلّ كما سيأتي.
وهذا الفهرس مع بيانه لمواضع الآيات المفسرة يشمل كذلك المواضع التي أحال عليها الشيخ عند تفسير كل آية.
٢ - فهرس الآيات المفسرة في العذب النمير: ويشمل الآيات المفسَّرة حسب ترتيب المصحف، والآيات التي تعرض لها أثناء تفسيره.
٣ - فهرس الآيات المفسرة في دفع إيهام الاضطراب: ويشمل الآيات المفسرة في الكتاب، والمواضع المحال عليها.
٤ - فهرس القراءات: ويشمل الآيات التي ذكر الشيخ فيها وجهًا أو أوجهًا من القراءة، وعددها (٤٦٧) آية من (٥٩) سورة من سور القرآن، وهي مرتبة حسب ترتيب سور المصحف.
٥ - فهرس سبب نزول بعض الآيات: ويشمل كل الآيات التي ذكر لها الشيخ سبب نزول، وعددها (١١٦) آية من (٢٨) سورة من سور القرآن، وهي مرتبة حسب ترتيب سور المصحف.
٦ - فهرس الأحاديث: ويشمل جميع الأحاديث التي أوردها الشيخ - رحمه الله - في كتبه، وعددها (١٩٦٥) حديثًا، وهي مرتبة حسب الحرف الأول، وأما ما حكم الشيخ على إسناده فقد أُفرِد بفهرس مستقل كما سيأتي.