مرض الاستسقاء، بقي معه نحو سنتين، وفيه توفي يوم الثُّلاثاء، قُبيل العصر في ١٢ محرم سنة (١٣٠٦ هـ).
وحضر مشهده جملة من علماء العصر، منهم: العلامة الشَّيخ سليم العطَّار، وحضر الصلاة عليه أيضًا بجامع السِّنانية، وأم الوالد الماجد بالصلاة عليه إمامًا، ودُفِنَ في مقبرة الباب الصغير في جوار مقام سيدنا بلال رضي الله عنه.
وجُبَينة -بضم الجيم أوله وفتح الموحدة بعده ثم ياء تحتية ساكنة- لعلها تصغير جُبنة لقب لعائلة فخيمة في حلب الشهباء، وكان جده عبد القادر آغا قدم منها إلى الشام، وكان تاجرًا كبيرًا واتصل ابنه أحمد آغا والد المترجم ببنت العلَّامة السيد الشَّيخ محمَّد الدسوقي الحسيني رحمهم الله تعالى". انتهى بتصرف يسير من كتاب "تعطير المشام" للعلامة جمال الدِّين القاسمي (٣/ ٦ - ٨ مخطوط بخط مصنفه في مكتبة آل القاسمي بدمشق).