وإذا ذكرت المراجع كلها في نهاية الرسالة وهي الطريقة الغالبة، فإن هناك عدة طرق لتنظيمها وإثباتها، وأحسن هذه الطرق ما يلي:
أولا: نبدأ بذكر المخطوطات ومع كل مخطوط مكان وجوده ورقمه.
وترتب هذه المخطوطات بحسب الحروف الهجائية للاسم الذي اشتهر به المؤلف مع عدم اعتبار الملحقات "ابن، ال" فيكتب ابن ظافر في حرف الظاء والغزالي في حرف الغين وهكذا، وبعد الاسم الذي اشتهر به المؤلف يذكر -بعد نقطتين- اسمه الكامل، ثم بين قوسين تاريخ وفاته إذا كان قد توفي، ثم عنوان المخطوط، يتلوه مكان وجوده ورقمه حيث يوجد، مثال ذلك:
العيني: بدر الدين محمود بن أحمد "٨٥٥هـ" عقد الجمان في تاريخ الزمان، مخطوط بدار الكتب المصرية رقم ٨٢٠٣ح.
ثانيا: تذكر الكتب العربية وناشرها أو مكان طبعها، وتاريخ الطبعة التي اعتمد عليها الطالب، وترتب هذه الكتب حسب الحروف الهجائية على ما سبق في المخطوطات، ويوضع مكان الطبعة التي اعتمد عليها الطالب وتاريخها بدل مكان المخطوط ورقمه مثل: