١ـ مجلس المجمع: ويتألف من الرئيس، والأعضاء المتفرغين، وغير المتفرغين من مواطني مصر، والأمين العام للمجمع.
ومجلس المجمع يؤلف من بين أعضائه لجانا أساسية تختص كل منها بجانب من البحوث، مثل: لجنة بحوث القرآن، لجنة بحوث السنة، لجنة البحوث الفقهية، لجنة العقيدة والفلسفة، لجنة التعريف بالإسلام، لجنة القدس والأقليات الإسلامية.
٢ـ مؤتمر المجمع: ويتألف من كل أعضاء المجمع، بحيث يجتمع المجمع مرة في كل شهر على الأقل، ولا يكون اجتماعه صحيحا إلا بحضور أكثرية أعضائه.
ويجتمع المؤتمر مرة في كل سنة، للنظر في جدول أعمال السنة، ويجوز أن يدعى
المؤتمر إلى اجتماع غير عادي إذا اقتضت الظروف ذلك بناء على اقتراح شيخ