ظل محمد أميراً للجبل مَا يقرب من ثلاثة وثلاثين عامَا حيث تولى سنة ١٢٠١ تقريباً وقتل سنة ١٢٣٤ وسبب ذلك أن إبراهيم باشا لَمْا قضى على دولة آل سعود قام بحملة على أُمراء الَمْناطق الَمْتحمسين للدعوة وأنصارها آل سعود، ولهذا قتل محمداً وأخاه علياً عام ١٢٣٤هـ. قال ابن عثيمين: اغتاله الحبشي زعيم رجال إبراهيم باشا حيلة في مقصورة الداحس، ثم حز رأسه وبعث به إلى تركيا ويشير إلى ذلك قول الشاعر:
يَا حَيْف رَاسَ الشَّيْخ تَلْعَب به الْبُوْمْ ... مِتْقَابْلِيْنٍ بَيْنَهُمْ يَجْزرُونِه
أمَا بقية جسده فدفنت في مقبرة الزبارة في حائل، وقد رأيت قبره وقد كتب على أحد شاهديه: " محمد بن علي رحمه الله واسكانهو " وأسكنه " دار السلَمْ " السلام ". وعبارة أمير الَمْسلَمْين تفيد أنه كان مشهوراً بالديانة، كمَا تفيد أنه كان عظيمَا وهذا ممَا يؤيد مَا ذكر من حمَاسه لدعوة الشيخ محمد بن عبد الَوْهاب، ومَا كان له من دور في الدولة الَمْعتمدة على دعوته. وقد خلف الأمير محمد بن عبد الَمْحسن أربع بنات إحداهن سلَمْى التي تزوجها عبد الله بن علي بن رشيد. وقال الشيخ علي بن سالَمْ: " فأمَا محمد بن علي فقتله الترك أيام ظهورهم على نجد بقصر برزان بحائل حين حاصروه وأنزلَوْه بالرغم وقتلَوْه ". والآن قبره بمقبرة الزبارة في حائل جثة بلا رأس. هكذا سمعت من والدي رحمه الله يقول ذلك، ولا أدري أي سنة كان ذلك فالله أعلَمْ. وقد ذكر الدكتور العثيمين: أن محمد بن عبد الَمْحسن أشار على أهل قفار إبان غزو إبراهيم باشا بأن يبنوا قصراً يكون جزء منه في مستوى أكثر انخفاضا من سطح الأرض القريبة منه لئلا تؤثر فيه الَمْدافع. وبعد قتل محمد بن عبد الَمْحسن لا نعرف من تولى بعده مباشرة إلا أنه من الَمْؤكد أن عيسى بن علي بن فايز تولى قبل صالح بن عبد الَمْحسن. والبرهان على ذلك مَا يلي: أ - دلالة قصيدة عبد الله بن رشيد الدالية التي رجحت أنها في فترة حكم عيسى الأولى، كمَا بينت ذلك في السفر الثاني من كتابي " ديوان الشعر العامي ".
ب - ذكر ابن بشر أنه في سنة ١٢٤٣ أو ١٢٤٢هـ وفد عيسى ابن علي بن فايز رئيس جبل شمر على الإمَام تركي وبايع وجعل في بيت مَال الجبل حمد الشويعر. وقد وصفه ابن بشر في عام ١٢٥٣ بأنه رئيس الجبل القديم.
ج - أن الإمَام تركي بن عبد الله لَمْ يعين صالح بن عبد الَمْحسن إلا في سنة ١٢٤٩هـ.
والدكتور العثيمين يستبعد ولاية عيسى بن علي بعد محمد ابن عبد الَمْحسن مباشرة ويتعلل بالتالي: أ - قول ابن بشر عن عيسى " رئيس الجبل " لا يدل على رئاسة سابقة، لأن عادة ابن بشر أن يصف بالرئاسة من سيليها ثم ذكر نمَاذج لذلك.
ب - أن ابن رشيد أخذ الإمَارة من صالح بن عبد الَمْحسن باتفاق الَمْصادر.
ج - أن ابن بشر ذكر صالحاً من أُمراء تركي عند كلامه عن اغتياله.
قال أبو عبد الرحمن: الجواب عن هذا بمَا يلي: ١ - أن ابن بشر يوهم أحياناً إذ يصف بالرئاسة من سيليها ولَمْ يلها بعد. ولكنه هذه الَمْرة رفع الَوْهم بقوله " رئيس الجبل القديم " فصح أن ابن بشر وصف عيسى بالرئاسة لأنه كان رئيساً في السابق.
٢ - لا ريب أن ابن رشيد تولى الإمَارة بعد صالح بن عبد الَمْحسن باتفاق الَمْصادر. ولكن الَمْصادر لَمْ تتفق على أن صالحاً تولى بعد محمد بن عبد الَمْحسن مباشرةً، بل نص ابن بشر على أن تركياً عينه في ١٢٤٩هـ.
٣ - أن ابن بشر لَمْا ذكر وفادته عام ١٢٤٣هـ وصفه بالرئيس والَمْبايعة. فهذا تعريف فعلي للرئيس حقيقة.
٤ - إنمَا ذكر ابن بشر صالحاً أميراً عند ذكره لأُمراء تركي، لأنه هو الأمير حال وفاة تركي. وابن بشر إنمَا يذكر أُمراء الإمَام حال وفاته، ولا يلتزم ذكر كل من تأمر في حياته. وبهذا يسقط احتمَال الدكتور العثيمين أن عيسى مجرد صاحب نفوذ في عهد الأمير الصالح.
قال أبو عبد الرحمن: وعيسى هذا يحتمل أن يكون: عيسى بن علي بن عبد الَمْحسن بن فايز بن علي. فيكون أبوه علياً أخا محمد بن عبد الَمْحسن، الذي قتله إبراهيم باشا مع أخيه. ويكون قول ابن بشر: عيسى بن علي بن فايز، من باب الاختصار، وهو أمر مَالَوْف. ويحتمل أن يكون لعبد الَمْحسن بن فايز أخ اسمه علي، فيكون عيسى بن علي بن فايز بن علي. أمَا الدكتور العثيمين فأورد بشأنه التالي: