بما أنه "معجم"، فلا بد من مراعاة جانب المعجمية فيه.
وبما أنه "تاريخي" فلا بد من مراعاة جانب التاريخية فيه.
وكل ذلك بقدر ما يحقق الغرض الأساسي من المعجم، وهو تسهيل الوقوف على تعاريف المصطلحات القرآنية وشروحها عبر التاريخ، تمهيداً لدراسة مفاهيمها دراسة مصطلحية بعد.
وعليه، فالترتيب العام المقترح للمعجم هو:
١- الترتيب الألفبائي لحروف المعجم كله.
٢- الترتيب الألفبائي للمصطلحات داخل كل حرف، حسب الأوائل فالثواني فالثوالث بعد إسقاط "ال" التعريف.
٣ - الترتيب الألفبائي للضمائم داخل كل مصطلح، حسب ما تقدم.
٤- الترتيب التاريخي للمعرّفين داخل كل مصطلح أو ضميمة.
٥- الترتيب التاريخي لمصادر تعريفات كل معرف، إن تعددت.