نتيجةً للحرية (*) الفردية في فهم وتفسير الكتاب المقدس لكل فرد من المؤمنين بالمذهب (*) البروتستانتي انقسمت الحركة (*) البروتستانتية إلى كنائس (*) عديدة، وطوائف مختلفة، ففي الولايات المتحدة الأمريكية وحدها حسب إحصائيات عام ١٩٨٢م يوجد ٧٦.٧٥٤.٠٠٩ بروتستانتي ينتمون إلى ٢٠٠ طائفة إنجيلية.
ومن أهم الكنائس البروتستانتية:
الكنيسة اللوثرية: وقد بدأ إطلاق هذه التسمية على المؤمنين بأفكار معتقدات مارتن لوثر في القرن السادس عشر وذلك رغم مقاومة لوثر نفسه لهذه التسمية، وأصبحت جامعة وتنبرج المهد الأساسي لها.
اهتم مارتن لوثر بقضايا الإيمان، وترك الأمر الإداري للكنيسة (*) لغيره يقوم به، لكنه عيَّن بعض المراقبين ليتعاونوا مع حكام الدولة في الأقضية، وبذلك كان أول ظهور لنظام السينودس.
ارتبطت اللوثرية في ألمانيا ارتباطاً وثيقاً بالحالة السياسية منذ أن دعا لوثر إلى إشراف الدولة على الكنيسة، ولذلك فإن الحكومة الألمانية تدخلت أكثر من مرة لحل الخلافات بين أعضاء الكنيسة أو للاتفاق مع كنائس المصلحة.
كان لظهور الكنائس المعمدانية في القرن السابع عشر أثرها في إثارة الخلافات بين البروتستانت مرة أخرى.
في زمن فريدريك وليم الثالث ملك بروسيا تم الاتحاد بين الكنائس اللوثرية والمصلحة، ومنها تشكلت الكنيسة القديمة، غير أن جماعة كبيرة من اللوثرية لم تنضم إلى هذه الكنيسة وعرفوا باللوثريين القدماء.
في عام ١٩٢٣م تأثرت الكنيسة بالنظام النازي في ألمانيا حيث حاول صبغ الكنيسة الألمانية بصبغة قومية، فجرى توحيد ٢٨ كنيسة مصلحة ولوثرية على أساس أن الدم الآري أحد المؤهلات العضوية لهذه الكنيسة القومية العنصرية. وقد تناول هذا التأثير العقائد والمبادئ أيضاً، مما مهَّد لقيام ثورة (*) من آلاف القسوس (*) البروتستانت من بينهم مارتن تيمولر للمطالبة بتشكيل السينودس الذهبي.
في عام ١٩٣٤م عارض السينودس الذهبي تدخل الدولة في شئون الكنيسة بل رفض ذلك رفضاً حاسماً.
في عام ١٩٣٥م أنشأت الحكومة وظيفة وزير الدولة للشئون الكنسية، وخوَّلت له