يوجد لدينا من كتاب (نواسخ القرآن) نسختان مخطوطتان فقط فيما وصل إليه العلم:
النسخة الأولى:
في مكتبة (مدينة) الملحقة بمكتبة طبقبوسراي بتركيا، تحت عنوان:(نواسخ القرآن) برقم: (١٨٢/ ١)، قياس: ١٤ x ١٩، في ١٣٦ ورقة. في كلّ صفحة خمسة عشر سطرًا. يوجد على غلافها، أنها مكتوبة في القرن التاسع الهجري بقلم معتاد. وقد تبيّن لي بعد تكبير الفيلم، وبعد مقارنتها مع النسخة الثانية، سقوط ورقة من مقدمة الكتاب وورقة أخرى من وسط الكتاب، ووجود بياض في أربع صفحات. كما ظهر لي تكرار الصفحة الأولى بخط مختلف عن الخط الذي يستمر به الكتاب إلى النهاية، وسوف أشير إلى ذلك كلّه في الهوامش إن شاء الله.
والجدير بالذكر، أنه يوجد في الورقة الأولى منها ختم للمكتبة المحمودية بالمدينة المنوّرة الأمر الذي يوحي بأنها أصلاً من المدينة المنورّة، ويؤكد هذا ما وجدته في مجلة (المجمع العلمي العربي) الصادرة بدمشق سنة: (١٩٢٨م) في جزئها الثامن ص: ٧٥٨، أن كتاب (نواسخ القرآن لابن الجوزي) يوجد في المكتبة المحمودية بالمدينة المنورّة ضمن نوادر مخطوطاتها. وينقل ذلك أيضًا صاحب كتاب مؤلّفات ابن الجوزي عن بروكلمان (١٩٩) عند ذكر هذا الكتاب.