سار شمس الدين الجوجري في شرحه لشذور الذهب على منهج تفصيلي يتمثل في النقاط التالية:
ا- كان يورد نصا أو فقرة من (شذور الذهب) ثم يبدأ في شرحها وتوضيحها بالأمثلة والشواهد النحوية، وكان يشرح النص أو الفقرة كلمة كلمة، ويوضح ذلك بالأمثلة.
٢- يذكر في الغالب مناسبة الباب أو النص الذي أورده من الشذور لما قبله.
وهدفه من ذلك أن يسير الكلام على تسلسل واحد، وأن يقع الترابط بين نصوص الكتاب كلها.
٣- يعقب الجوجري على شرحه لكل نص من نصوص الشذور بالتنبيهات التي يذكر تحتها مسائل كثيرة، بعضها فيه توضيح لما سبق شرحه، وبعضها فيه قياس لمسائل أخرى على ما ذكره، وبعضها بيان لخطأ وقع فيه بعض العلماء والرد عليه، وبعضها استدراك وتذييل لما ذكره ابن هشام، وبعضها اعتراض على ابن هشام ثم الإجابة عنه.
٤- يكثر من إيراد الاعتراضات في صورة (فإن قيل) .
ثم يجيب عن ذلك بصورة مقنعة.
وفي الغالب ما يكون ذلك على طريقة أهل الجدل والمنطق، كأن يقول:(فإن قيل: كذا، قلنا: كذا) و (لا نسلم بذلك، وسلمنا