ترك الإمام الطبري ثروة عظيمة من المؤلفات والمصنفات التي تشهد على سعة علمه، وعظيم همته، وطول نفسه التصنيفي، الذي قل مثيله إلا على أمثاله من أئمة العلم والهدى: منها ما هو موجود مطبوع متداول، ومنها ما هو حبيس المكتبات في مخطوطات أضاعتها الأمة حتى صارت حبيسة الرفوف والأدراج في المكتبات العالمية، في حين يتحسر طلاب العلم من المسلمين للحصول عليها، وخدمتها بما يليق بها، لينتفع بها أهل العلم والفضل، ومن أهمها:
١ - كتاب " التفسير " المسمى: " جامع البيان في تأويل آي القرآن "، وهو أعظم كتبه بل أعظم التفاسير على الإطلاق.
٢ - كتاب " تاريخ الرجال " الذي ترجم فيه للرجال الذين روى عنهم في كتبه من عصر الصحابة إلى عصره، والذي لو وقع لنا! لأراحنا مما نحن فيه من عناء الترجمة لهؤلاء الرجال.
٣ - كتاب " تهذيب الآثار وتفصيل معاني الثابت عن رسول الله من الأخبار ". وأعمل الآن في ترتيبه على أبواب الفقه مع ترقيمه وتنقيحه وفهرسته
٤ - كتاب " تاريخ الأمم والملوك ".
٥ - كتاب " ذيل المذيل ".
٦ - كتاب " صريح السنة ". وقد يسر الله لي تحقيقه وشرحه ونشره.
٧ - كتاب " التبصير في معالم الدين " وهو كتاب عقدي؛ بين الطبري فيه عقيدته، ورده على أهل الأهواء، وخاصة الرافضة، وليس فيه أسانيد.
٨ - كتاب " الخفيف في أحكام شرائع الإسلام ".
٩ - كتاب " اختلاف علماء الأمصار في أحكام شرائع الإسلام ".