الزمن ثم في سنة إحدى وثمانين ورد متولي العمارة المذكور فجدّد كثيرا من السقف الأعلى بمقدّم المسجد من الروضة وما يليها وكان مولعا بالتغيير والتبديل فأتخذ عقودا من الآجر على رؤوس السواري التي عليها السقف الأسفل موضع العبارات التي كان السقف الأعلى موضوعا عليها ولم يبال بارتفاع تلك الجهة التي عمرها على ما حولها من السقف الأعلى وجدّد أيضا سقف الرواق الذي يلي الأرجل الشريفة في المشرق وسقف رواق باب جبريل عليه السلام والسقف الأسفل في موقف الزائرين وشيئاً مما حوّل الحجرة الشريفة داخل المقصورة وشيئاً من المسقف الشامي وغيره مع إعارة الحجرة المتقدّم ذكرها وإبدال ما كان عليها من السقف بقبة لطيفة أسفل سقف المسجد المحاذي للقبة الكبرى المعروفة بالزرقاء مع التغيير الآتي فيها ثم أحترق المسجد النبوي ثانيا في الثالث الأخير من ليلة الثالث عشر من شهر رمضان عام ست وثمانين وثمانمائة وقد قام رئيس المؤذنين شمس الدين بن الخطيب يهلل بالمنارة الشرقية اليمانية المعروفة بالرئيسية مع بقية المؤذنين وقد تراكم الغيم وحصل رعد قاصف فسقطت صاعقة أصاب بعضها هلال المنارة الرئيسية فسقط شرقيّ المسجد له لهب كالنار وأنشق رأس المنارة وتوفى الرئيس لحينه صعقا وأصاب ما نزل من الصاعقة سقف المسجد الأعلى عند المنارة المذكورة فعلقت النار فيه وفي السقف الأسفل ففتحت أبواب المسجد