يمكن أن تتخذ خطة خاصة لتبويب وتنظيم البطاقات طبقًا للإمكانات المتوافرة؛ ولكن الطريقة النظامية السليمة والسهلة هو أن تتبع ما يأتي:
١- تصنيف البطاقات إلى مجاميع حسب الموضوعات، أو الخطة، أو المنهج الذي سيتبع في دراسة الموضوع.
٢ - توضع كل مجموعة في صندوق، أو ملف خاص، مكتوبًا عليه عنوان موضوع كل مجموعة، وعمل فهرسة مختصرة لمحتويات كل منها تحت العنوان العام.
٣- توضع أرقام متسلسلة طبقًا للمنهج الدراسي في السير في الموضوع لكل مجموعة من الملفات أو علب البطاقات.
٤- تخصص بطاقات معينة فهرسًا عامًّا لما تحويه الملفات، أو علب البطاقات بما يضمن سهولة الحصول على المعلومات المدونة في البطاقات في شكل مفصل. وفي النهاية سيجد الباحث أنها مرتبة في فصول، وأبواب، وتقسيمات أساسية، وثانوية.
إن عمل هذه الفهارس مفيد، وبشكل خاص لطلبة الدراسات العليا، ومَن له صلة قوية بالبحوث، ومن الأفضل أن تكون الطريقة في تنظيم البطاقات سهلة، ومبسطة بقدر الإمكان.