ولقد أثار المستشرقون شبهات أخرى كثيرة حول الإسلام ورسوله، وحول العقيدة والوحي، وحول الفلسفة الإسلامية وأصالتها، والتصوف وأصوله، وحول السنة وعلومها.
أ- فالمستشرق "شاخت" وضع كتابه "في أصول الشريعة المحمدية"، ولعله أشهر كتاب له، جعله طعنًا في كتب السنة الصحيحة ومسانيدها، وقال: إن الأحاديث الفقهية وغيرها ظهرت في القرن الثالث الهجري، وأن الفقه ومسائله لم يظهر في عصر محمد ولا في عصر الصحابة، وإنما ظهر بعد هذا الجيل، واستدل بذلك على كذب الأحاديث النبوية، ومع ما في هذه الدعوى من مغالطات وأكاذيب تاريخية، فإن هذا المستشرق لم يكلف نفسه عناء البحث؛ ليعرف أن أقوال الرسول وأفعاله كانت تقوم بين جيل الصحابة مقام كتب الفقه بين الأجيال المتأخرة فضلا عن أن أحاديث الفقه كغيرها من الأحاديث الأخرى رواها المحدثون بسندها المتصل عن رسول الله صلى الله عليه وسلم، وللمحدثين في ذلك منهج في التوثيق أفاد منه إلى حد كبير علماء المناهج المعاصرون، ووصفوه بالدقة، والموضوعية، وقوة الضبط، وسلامة النقل، وسار على نفس المنهج في التشكيك في كتب السنة آخرون أمثال "منتوجمري واط" المستشرق الإنجليزي، و"مارجليوث" و"جولد تسهير" وغيرهم، والأدلة التي يذكرها الواحد منهم على صحة دعواه تجدها مكررة عند غيره كأنهم قد تواصوا بذلك فيما بينهم وتوارثوها جيلا بعد جيل.