لم ينص ابن مجاهد على منهجه في الاختيار ولا على الأسس التي بنى عليها اختياره؛ وإنما أُخذت تلك الأسس من مواقفه في حياته مع بعض القراء المبتدعين والمقرئين بالقراءات الشاذة، ومن منهجه في كتابه السبعة، وهي تتخلص في أسس ثلاثة:
أ- أن تكون القراءة صحيحة السند، حملها رواة موثقون حتى زمن القارئ، ويُؤخذ ذلك من موقفه مع معاصر له ومقرئ معروف، وهو محمد بن الحسن المعروف بابن مِقسَم العطار "ت٣٥٤هـ"، الذي كان يزعم جواز الاجتهاد في القراءات، فكل قراءة صح لها وجه في العربية، ووافقت رسم المصحف العثماني، جاز القراءة بها -عنده- في الصلاة وغيرها، ولو لم يكن لها سند ولم ينقلها أحد.
ومن ذلك قراءته في قوله تعالى:{فَلَمَّا اسْتَيْئَسُوا مِنْهُ خَلَصُوا نَجِيًّا} ١ قرأها "نجباء"، وكان يذكر لها وجهًا بعيدًا مع كونها لم يقرأ بها أحد.
وقد رفع ابن مجاهد أمره إلى الحكام، وعُقد له مجلس حضره القضاة والقراء؛ فأذعن بالتوبة من بدعته، واستوهبه