المرحلة الثانية: المعالجة الأولية وهي تقوم بترسيب المواد العضوية (فضلات الإنسان) وغير العضوية بطريقة الترسيب الخاصة, وهذه هي مرحلة الترسيب الأولى.
المرحلة الثالثة: المعالجة الحيوية: بعد أن يتم هذا الترسيب للمواد العضوية وغير العضوية تُنَمَّى نوع من البكتريا الهوائية تتغذى على هذه المواد التي رسبت.
المرحلة الرابعة: مرحلة الترسيب الثاني: الماء يبقى فيه شيء من المواد العالقة بعد المرحلة الحيوية فيقام بمرحلة ترسيب مرة أخرى خاصة.
المرحلة الخامسة: مرحلة المعالجة الثلاثية وتمسى بالمرشَّحات الرملية وهذه المرحلة عبارة عن إزالة ما تبقى من المواد العالقة من خلال مرشحات رملية.
المرحلة السادسة: مرحلة التعقيم وهي المرحلة الأخيرة حيث يتم تعقيم هذا الماء عن طريق حقل غاز الكلور في الأحواض.
هذه المراحل الست من حيث الحكم الشرعي تنقسم إلى قسمين:
١ – تنقية ثنائية. ... ... ٢ – تنقية نهائية.
التنقية الثنائية: هذه تكون قبل مرحلة المعالجة الثلاثية (المرشحات الرملية) يعني بعد المراحل الأربعة الأولى فإذا طبقت بكاملها حسب نظمها التعليمية فإن الماء يعود إلى حالته الطبيعية بمقدار ٩٥%، وبعد مرحلة المعالجة الثلاثية والمرشحات الرملية يقولون بأن الماء في الغالب يعود إلى حالته الأولى وإلى خلقته الأولى.
الحكم الشرعي بالنسبة للتنقية الثنائية فهذا يختلف باختلاف استخداماته:
أولاً: استخدامه في الشرب والطهارة: هذا غير جائز ومحرم لأنه حتى الآن لم يطهر مادام أنه بقي عليه ٥% وحتى الآن صفة النجاسة لا تزال باقية فيه.