وثالث هذه الأمور هو مذهبه النحوي في معالجته للقضايا النحوية سواء في جانبها التقعيدي أو التطبيقي، وقد تكلم في هذا كل من الدكتور عبد الرحيم عسيلان والدكتور أحمد العمري، فذهب الأول إلى أنه كان بصري المذهب، ورجح الثاني أنه كان بغدادي المذهب، واعتمد الدكتور عسيلان في رأيه على أنه كثيراً ما يأخذ بآراء البصريين، وأنه من خلال شرحه لأبيات الحماسة يصرح في أكثر من موضع بأنه منهم، واعتمد العمري على أنه" على نحو ما كان ينتخب من آراء البصريين كان ينتخب من الآراء الكوفية ما صح لديه قياسه، كما اعتمد على أنه كان تلميذًا مخلصًا لأبي على الفارسي، أمينًا على مبادئه، والفارسي حسب ما ذهب إليه الدكتور شوقي ضيف- أحد العلماء الذين مزجوا بين المنهجين البصري والكوفي، واحد المؤسسين للمذهب البغدادي الجديد الذي ينتخب من المدرستين ما يراه أولى بالإتباع، وان غلب عليه النزوع إلى المذهب البصري، فعلى هذا فهو- أي العمري- يرى" أن ليس ببعيد أن يكون المرزوقي قد اعتنق مذهب أستاذه إيمانًا منه بمنهجه وتأثراً واقتداء، وفي كل ما ذهب إليه الباحثان نصر، فقول الدكتور عسيلان بأنه كثيرًا ما يأخذ بآراء البصريين لا يؤكد بصريته لأن أستاذه أبا على الفارسي كان كثيرًا ما يأخذ البصريين ومع ذلك عدة الدكتور أحمد أمين أحد أعمدة مدرسة القياس التي نشأت معتمدة على أصول بصرية"، وعده الدكتور شوقي ضيف أحد أئمة المدرسة البغدادية الجديدة.
وأما قوله بأنه كان في خلاله شرحه لأبيات الحماسة يصرح في أكثر من موضع بأنه منهم فهو قول مبني على العبارات التي ترددت في شرحه من مثل" هو المختار عند