وقد وجدنا بعد الموازنة بين النسخ والنظر في جودتها وتمامها، أنّ من أفضل النسخ التي يمكن أن نعتمدَ عليها في تحقيقنا بشكل أساسيٍّ ثلاثة نسخ مختارةٍ، ولم نستغنِ عن النسخِ الأخرى، فقد رَجعنا إليها مرارًا.
وهذه النسخُ هي:
النسخةُ الأولى: نسخةٌ محفوظةٌ في مكتبةِ جامعِ الفاتحِ، تحت رقم (١٥٦٠)، وهي النسخةُ التي اعتمدناها أصلًا في التحقيق، ونرمز لها في الهوامش باسم (الأصل).
نسخةٌ جيدةُ الخطّ، عليها تملّكات وأختام من أبرزها: ختم محمد أفندي، وهو الذي وقَفَهُ في الجامعِ على الطلبةِ، ونصُّ ختْمِهِ:(واقفُ هذا الكتابِ محمّد أفندي المقابلة على الطلبة في جامع شِهْزَادَة)، وختمٌ آخرُ، وعليها كتابةٌ باسم (الفقير علي بن سووانة عُفِيَ عنهما)، وفي آخرِها ختمُ مكتَبَةِ السليمانيّةِ؛ التي ضُمَّ إليها جميعُ المخطوطات التي كانت في مكتبةِ جامعِ الفاتحِ.
وتقع هذه النسخة في (٢٦٤) لوحةً من الحجم المتوسط، في كلِّ صفحةٍ منها خمسة عشر سطرًا، بعددِ كلماتٍ يقتربُ من تسعٍ في كلِّ سطرٍ منها. كُتِبَتْ بخطٍّ قريبٍ من الرقعة.
وقد سمّي الكتاب على صفحتها الأولى باسم: كتاب (الجواهر)، وهو الاسم الذي اعتمدناه لهذا الكتاب.
واسم ناسخها هو عبد الرحيم بيري، وقد أتمّ نسخها في القسطنطينيّة في يوم الأحد منتصف صفر، سنة ٩٨٩ هـ.