تقرأ هذه اللجنة مصادر الموسوعة -وهي الكتب المسندة في التفسير وعلوم القرآن والحديث والعقيدة والسير والتراجم ونحوها، والتي بلغت أكثر من مائتي مصدر- وتستخرج منها الآثار الزائدة في التفسير على كتاب الدر المنثور للسيوطي، وتدخلها في الحاسب الآلي، ثم تطابقها على أصولها.
[٢ - لجنة التأليف والصياغة]
تعمل هذه اللجنة على تصنيف مادة الموسوعة من آثار تفسير السلف، وترتيبها، وخدمتها بالتوثيق والربط والتوضيح، بالإضافة إلى تنقيح كتاب "الدر المنثور"، وإعادة ترتيبه وفق منهج الموسوعة.
[٣ - لجنة تعليقات الأئمة الخمسة على آثار السلف في التفسير]
تعمل على جمع تعليقات ابن جرير وابن عطية وابن تيمية وابن القيم وابن كثير على آثار السلف، وتوجيههم لها، وانتقاداتهم على بعضها، وترجيحاتهم بينها، مع ترتيبها وصياغتها بدقة وإيجاز، مع إثباتها في المواضع المناسبة في الموسوعة.
[٤ - لجنة تخريج الأحاديث]
تقوم بتخريج الأحاديث المرفوعة في الموسوعة، وما في حكمها كأسباب النزول، ونقل أحكام أهل العلم عليها، مع ترتيبها وصياغتها بدقة وإيجاز.