كان الشيخ -رحمه الله- من المكثرين في التأليف فألف في الحديث والفقه والأصول والتوحيد والتفسير والقراءات والتجويد والفرائض والتراجم والأدب واللغة والنحو وغيرها، وقد سرد كارل بروكلمان مؤلفات الشيخ فبلغت مائة وسبعين مؤلفا، كما ذكر مؤلفات أخرى له في أماكن أخرى من كتابه تاريخ الأدب العربي (١)، وسرد عددًا كبيرًا منها صاحب كتاب (الملا علي القاري فهرس مؤلفاته وما كتب عنه) ومن أشهر مؤلفاته: مرقاة المفاتيح شرح مشكاة المصابيح طبعته دار الكتب العلمية ببيروت بتحقيق الشيخ جمال عيتاني في ١١ مجلدًا، والمصنوع في معرفة الحديث الموضوع طبع بتحقيق الشيخ عبد الفتاح أبو غدة، ولمعرفة بقية مؤلفاته يمكن مراجعة تاريخ الأدب العربي، وكتاب:(الملا علي القاري فهرس مؤلفاته وما كتب عنه).
(١) تاريخ الأدب العربي القسم التاسع (١٣ - ١٤) صـ ٨٦ - ١٠١).