من أقسام الجغرافيا الطبيعية الدراسات المتعلقة بالتربة Pedology ودراسة النبات الطبيعي والحيوانات التي تقطن الأقاليم النباتية المختلفة، لذلك يطلق على هذا القسم من الجغرافيا الطبيعية اسم الجغرافيا الحيوية، وهو تكملة للدراسات الخاصة بسطح الأرض والتضاريس والدراسات المناخية، وبعكس التضاريس والمناخ التي تكاد لا تتأثر بتدخل الإنسان نجد التربة والنبات والحيوان تتأثر بنشاط الإنسان وتدخله في البيئة الطبيعية. فالإنسان قد يغير التربة من مكان لآخر، وقد يؤدي نشاطه من نوع ما إلى إزالة التربة وتعريتها إذا أساء استعمالها بواسطة الرعى أو تقطيع الأشجار على نطاق واسع من أجل إخلاء الأرض للزراعة أو للاستفادة بالأخشاب لأغراضه المختلفة، كذلك يضيف الإنسان إلى التربة باستخدام المخصبات أو يستنفد بعض المواد الموجودة فيها باستمرار زراعتها لمدة طويلة دون استخدام الأسمدة، ويظهر أثر الإنسان في البيئة الطبيعية على نطاق أوسع بالنسبة للنبات الطبيعي، حتى إنه يصعب أحيانًا التعرف على النبات الأصلي الذي كان يغطي إقليمًا ما حيث إن الإنسان قد أزاله ولم يبق منه أي شيء في الوقت الحاضر. وفي بعض مناطق العالم مثل غربي الولايات المتحدة تكون الأرض مغطاة بغابات طبيعية ولكنها ليست الغابات التي كانت توجد في الإقليم أصلًا وإنما غابات حديثة حلت محل الغابات التي كانت توجد في المنطقة قبل عصر البليوستوسين. وقد أزيلت الغابات الأصلية ثم تركت المنطقة دون تدخل من الإنسان لمدة طويلة سمحت بنمو ثانٍ لنباتات طبيعية نرى بعضها ما زال قائمًا حتى الوقت الحاضر.
أما الحيوانات فقد تأثرت في فصائلها وتوزيعها بالإنسان أكثر من أي مظهر آخر من مظاهر البيئة الطبيعية. فقد أدى وجود الإنسان وتكاثر أعداده وقيامه