وبقي المسجد مخرباً أربع عشرة سنة حتى جُدّدت عمارة السقف والقبة أيام ملكشاه السلجوقي على يد الوزير نظام الملك (مؤسس المدرسة النظامية). أما الصحن فبقي تراباً وطيناً، حتى بلط أيام الملك العادل بعد الستمئة. كما مرّ في الكلام على بلاط الجامع.
وفي سنة ٥٦٢ كان حريق حي اللبادين (النوفرة) فسَرَتْ النار إلى الأموي، فأحرقت قسماً منه من جهة باب جيرون.
وفي سنة ٥٧٠ أصابه حريق جزئي آخر، حين احترقت مدرسة الكلاسة وامتدت النار إلى مئذنة العروس فاحترقت.
وفي سنة ٦٤٦ احترقت سلالم المنارة الشرقية والبيوت التي في أسفلها وتضعضعت.
وفي سنة ٦٨١ كان حريق جزئي آخر، إذ احترق سوق اللبادين وسوق جيرون فامتدت النار إلى حيطان الجامع ووصلت إلى قسم من السقف.
وفي سنة ٧٤٠ كان الحريق الكبير في دمشق، فأكلت النار أسواقاً برمّتها وكانت خسائر فادحة في الأموال، ووصلت النار إلى الجامع فاحترقت المئذنة الشرقية وقسم من الجانب الشرقي.
وأصابه حريقان جزئيان سنة ١٠٦٤ وسنة ١١٣١.
وكان الحريق الثاني الذي شمل المسجد كله هو الحريق الأخير سنة ١٣١١ وسيأتي حديثه.
أما الزلازل التي تتابعت على المسجد فمنها:
زلزال سنة ١٣١ الذي انشق منه سقف المسجد على طوله.
وفي سنة ٢٣٣ كان زلزال شديد أسقط المنارة فانهالت حجارتها على المسجد وخرّبت رُبُعَه، وتراكمت فيه كأنها جبل.