وفي سنة ٥٥٢ كانت زلزلة عظيمة أسقطت كثيراً مما كان قد بقي من فصوص الفسيفساء.
وفي سنة ٥٩٧ كانت أشد زلزلة على الأموي، إذ أسقطت قسماً من المنارة الشرقية وتشقّقت منها قبة النسر، وقيل إنها سقطت بعد ذلك على الناس.
وزلزال سنة ٧٠٢ الذي تشققت منه بعض جدران الجامع.
وزلزال سنة ١١٧٣ الذي سقطت منه قبة عائشة، وتخرّب بعض المسجد.
[إصلاحات في الأموي]
أما الإصلاحات الكبرى فيه فمنها:
أنها جُدّدت عمارة الحائط الشمالي سنة ٥٠٣، أيام المستظهر العباسي بأمر الوالي طغتكين.
وسنة ٨٢٧ نُزع الرخام عن الجدار القبلي من الجهة الغربية، فوُجد في خلل، فحضر تنكز نفسه ومعه القضاة والخبراء وتقرر هدمه وإصلاحه واستأذن السلطان فأذن له، فعمره واستنفر له الناس، فتطوّعوا للعمل، وأخذوا له حجارة وجدوها في أصل المنارة الغربية المزالة عند الغزالية، فتمت العمارة في أقل من ستة أشهر. وفي سنة ٧٢٩ كمل ترميم الحائط القبلي.
وفي سنة ٧٣٠ رمم الجانب الشرقي حتى صار كالغربي.
[القبة]
قبة النسر جُدّدت سنة ٤٧٥ وسُقفت المقصورة والطاقات والأركان الأربعة في عهد نظام الملك وزير ملكشاه السلجوقي.