تولى التدريس بجامع الزيتونة من الطبقة الثانية في علم التجويد والقراءات.. كما عين مدرسا للسنة بالمدرسة العصفورية، ثم ما لبث أن يمسي من دارسي من الطبقة الأولى، ثم أصبح نائبا بالمجلس المختلط العقاري، وعضوا رسميا بعدبته، إلا أنه بدل تدريسه في القراءات بتدريس كل العلوم التي كانت تدرس بجامع الزيتونة، أو ملحقاتها.
وفاته:
توفي المارغني رحمه الله يوم الأحد ٣ ربيع الثاني عام ١٣٤٩هـ/ ١٩٣١م، ودفن بمقبرة أجداده بالزلاج، وحضر تشييع جثمانه جم غفير من العلماء والطلبة والعامة، ورثاه شيخ الأدباء محمد العربي الكبادي بقصيدة نقشت على قبره.
مؤلفاته:
ترك المارغني جملة المؤلفات والشروحات والتعاليق منها:
* بغية المريد بجوهرة التوحيد، ط، تونس ١٣٤٤/ ١٩٢٦.
* الشذرات الذهبية على العقائد الشرنوبية، ط. تونس ١٣٤١هـ.
* حاشية على شرح ابن القاصح للشاطبية.
* تأليف في القراءات.
* شرح على رسالة الوضع.
* شرح على البيقونية.
* شرح على المرشد المعين.
* شرح النجوم الطوالع على الدرر اللوامع في مقرآ نافع "مطبوع".
* شرح العقيدة الوسطى للسنوسي.
* وأخيرًا شرح دليل الحيران على مورد الظمآن في فني الرسم والضبط، وهو المقصود بالشرح، والتحقيق في هذا الكتاب بحول الله.