وجدت سلبيات لهذه البطاقات أُخذت عليها، وهي تمثل سلبيات جديرة بالنظر مع ما يشكله هذا النوع من البطاقات من قفزات هائلة في مجال التكنولوجيا، ومن أهم هذه السلبيات ما يلي:
أولاً: من أهم المشكلات التي تواجه مستخدمي البطاقات الذكية هي التلف، فالبطاقات الذكية عادةً ما تكون مصنوعة من البلاستيك المرن الذي يتلف ويتآكل بعد فترة من الزمن بسبب الاستخدام المتكرر.
ثانياً: ومشكلة أخرى وهي الخصوصية Privacy))، فبإمكان بعض الجهات التي تُستخدم فيها البطاقات الذكية أن تتتبع البطاقة.
ثالثاً: وهناك أيضاً مشكلة الأمن (Security)، حيث إن البطاقات الذكية ممكن أن تستخدم في تطبيقات كثيرة منها التعامل البنكي الإلكتروني (Internet Banking)، فلو أن جهاز المستخدم مصاب بأي نوع من أنواع البرامج الخبيثة (Malware) فإن المستخدم قد يتعرض لسرقة معلوماته البنكية والشخصية، لكن أغلب البنوك الآن تدمج ما بين التحقق الإلكتروني والتحقق عبر الوسائل التقليدية لتحقيق أقصى قدر من الأمان.
ولنأخذ مثالاً على ذلك: نظام المباشر للأفراد في مصرف الراجحي، حيث إنه عند إضافة أي فاتورة جديدة أو مستفيد جديد للتحويلات المالية يقوم النظام آلياً بإرسال رسالة قصيرة (SMS) إلى جوال المستخدم المسجل في النظام تحتوي على كلمة سرية مؤقتة لا تتعدى صلاحيتها عشر دقائق، وعند إدخال