وكان لأبي إسحاق تلامذة نبغ منهم من نذكره لنباهة شأنه:
١ - أبو يحيى بن محمد بن عاصم، من أسرة شهيرة بغرناطة، تلقى عن الشاطبي الفقه وعلوم اللغة وتولى الوزارة لبني الأحمر، ولقب بابن الخطيب الثاني، واستشهد في جهاد النصارى ٨١٣ هـ.
٢ - أخوه أبو بكر بن عاصم، لقب بالقاضي؛ إذ ولي القضاء بغرناطة، وبرع في العلوم وألف تآليف منها أرجوزة العاصمة في الفقه، وكان جل اهتمامه منصبّا على علم الأصول تأثرا بشيخه، كما اختصر" الموافقات" لأستاذه أبي إسحاق.
٣ - أبو عبد الله محمد المجاري الأندلسي: تلقى عن الشاطبي علم النحو، وصنف كتابا عن شيوخه عرف باسم" برنامج المجاري"، ارتحل إلى المشرق لطلب العلم، وتوفي ٨٦٢ هـ.
٤ - أبو جعفر القصار، تلميذ فهم أثير كان أبو إسحاق أثناء تأليفه" الموافقات" يعرض عليه بعض المسائل ويباحثه فيها ثم يدونها.