يدور حول نظرية التحليل النفسي جدل كثير. فمن الناس من يرى أن هذه النظرية تخرج عن إطار الإرشاد النفسي لأنها قامت على أساس بحوث عن المرضى النفسيين وليس عن العاديين الذين يهتم بهم التوجيه والإرشاد. ومن الناس من يردد بعض المفاهيم الخاطئة الشائعة عن التحليل النفسي منها: أنه يدور كله حوله الجنس. وقد نتج هذا الفهم عن أن الدراسات الأولى للتحلي النفسي تضمنت الكثير عن هذه الناحية "التي كان يتغاضى عنها أو يتغافلها أو يتجاهلها المعالجون السابقون" رغم أنه ثبت أن كثيرا من الأمراض النفسية ترجع إلى الصراع الجنسي. كذلك يعتقد البعض أن التحليل النفسي يتنافى مع الدين. ولكننا نعلم أن المحللين النفسيين كبشر ينتمون إلى أديان مختلفة فمنهم اليهود ومنهم المسيحيون ومنهم المسلمون ولا