قد تعترض برنامج الإرشاد النفسي بعض المشكلات أو الصعوبات التي قد تعوقه، ومن هذه المشكلات ما يتصل بالعملاء أو العاملين، أو الموقف والمجال الذي يتم فيه تخطيط وتنفيذ وتقييم البرنامج، ويجب عمل كل ما يلزم وبذلك كل جهد للتغلب على هذه المشكلات والصعوبات أولا بأول بكل الوسائل، حتى يمضي البرنامج قدما لتحقيق أهدافه، ومن المشكلات التي قد تعترض البرنامج ما يلي:
- نقص الوقت لدى المسئولين عن البرنامج لانشغالهم في أعمال أخرى، ونقص أعدادهم، وقصور إعدادهم وتدريبهم وخبرتهم، أو نقص حماسهم واهتمامهم بالبرنامج.
- نقص اهتمام الإدارة بالإرشاد النفسي وخدماته وجعلها محدودة أو خدمات صورية فقط.
- نقص الاعتمادات المالية اللازمة، وبالتالي نقص التجهيزات المطلوبة من أماكن وأجهزة ووسائل.