فكان أن رتب الخليل الأبجدية إلى مجموعات صوتية كما يلي:
ع ح هـ غ خ - ق ك - ج ش ض - ص س ز - ط ت د - ظ ث ذ - ر ل ن - ف ب م - وا ي.
والتقسيم الصوتي إلى مجموعات لا يختلف كثيرًا عما قرره العلم الحديث.
أما ترتيب المجموعات على هذا السلم، وكذلك ترتيب بعض الحروف داخل المجموعة الواحدة، فيختلف نوعًا ما عما يقرره علم الأصوات. ومن يدري لعله لو كان قد أتيح للخليل أن يشتغل في معامل الأصوات التي يسرها لنا العصر الحديث لكان قد وصل إلى نتائج أدق من هذا. وإنا لنزداد إكبارًا له حين نعلم أنه قد سبقنا إلى ذلك بنحو اثني عشر قرنًا من الزمان.
ولقد كان ترتيب الخليل هذا مبنيَّا على أساس المخارج فقدم المجموعات الصوتية بحسب عمقها في الحلق، ثم تدرج إلى الحروف الشفوية ثم اختم بحروف العلة.
ولقد فطن الخليل إلى أن الهمزة أعمق الحروف مخرجًا، ولكنه وجد من تغيرها سببًا في عدها ضمن حروف العلة. وفطن ايضًا إلى أن الهاء تليها، ولكن الهاء ما هي إلا إرسال الهواء خارج الحلق. ولذا وجد أن العين أصلح حروف الحلق للبدء بها. ونضيف إلى هذا أن كلمة "عين" تعني بجانب أنها حرف هجاء -العين- الباصرة التي تستعمل كثيرًا في جوهر الشيء وكنهه. وقد رأى "لين" أن تكرار حرف العين يكون صوتًا يشبه بصمة الجمل، وهذا من أهم الخصائص العربية.
وقد كانت الحاء تشارك العين في نفس المخرج، ولكن اختيار الخليل للعين دون الحاء ذكر له سبب هو "أن العين أنصع"، أو ما يعبر عنه بعبارة أخرى هو أن العين مجهورة والحاء مهموسة.
وبناء على هذا أمكن للخليل أن يعرف بطريقته النظرية المهمل من المستعمل