ويلحظ العلماء المحققون على هذا الترتيب والإخراج لقصة بدء الكون ملاحظات يرفضها العلم الحديث الذي أعطاه الله للإنسانية، ولو كانت الأسفار من عند الله لما حوت هذه الأخطاء المتتابعة.
منها: أن السفر يتحدث عن ستة أيام أرضية تتكون من ليل ونهار " وكان صباح"، "وكان مساء"، وكان سابعها يوم السبت الذي استراح فيه الخالق - تعالى عن ذلك -، ومن المعلوم علمياً أن الخلق تم على فترات كونية تقدر بملايين السنين، وصدق الله حين قال مبيناً المفارقة بين أيامه وأيام البشر:{وإن يوماً عند ربك كألف سنة مما تعدون}(الحج: ٤٧).
والعلماء يقولون بأن الأرض احتاجت لملايين السنين حتى بردت قشرتها وغدت صالحة للحياة، فيما يتحدث السفر عن ظهور الماء على الأرض في أول أيامها، ثم ظهور النبات في ثالثها، والحيوانات في رابعها وخامسها.
كما أن الترتيب التوراتي لظهور المخلوقات يتناقض مع مكتشفات التاريخ الجيولوجي.
فوجود الماء على وجه الأرض في اليوم الأول يتناقض مع النظرية العلمية القائلة بأن الأرض بل والعالم كان غازياً في بداية خلقه، كما لا يصح ظهور النبات قبل وجود الشمس، ولا يصح أيضاً وجود الحيوانات البحرية والطيور قبل الحيوانات البرية.
ومثله يرفض علمياً القول بأن الأرض خلقت قبل الشمس والنجوم (في اليوم الرابع)، والعجب من ظهور الليل والنهار لثلاثة أيام، ولما توجد الشمس بعد!
والقول بأن النبات وجد قبل الإنسان بثلاثة أيام فقط، قول مردود، إذ تتحدث المكتشفات العلمية عن وجود النبات قبل الإنسان بملايين السنين.
وقد وردت أكثر هذه الاعتراضات على هذا القصة للخلق في ثنايا نقد الأب