وفي الركن الشرقي من المقصورة الحديثة في المحراب خزانة كبيرة فيها مصحف من مصاحف عثمان رضى الله عنه وهو المصحف الذي وجه به إلى الشام وتفتح الخزانة كل يوم اثر الصلاة فيتبرك الناس بلمسه وتقبيله ويكثر الازدحام عليه.
وله أربعة أبواب: باب قبلي ويعرف بباب الزيادة وله دهليز كبير متسع له أعمدة عظام وفيه حوانيت للخرزيين١ وسواهم وله مرأى رائع ومنه يفضى إلى دار الخيل وعن يسار الخارج منه سماط الصفارين وهي كانت دار معاوية رضى الله عنه وتعرف بالخضراء؛ وباب شرقي وهو أعظم الأبواب ويعرف بباب جيرون؛ وباب غربي ويعرف بباب البريد؛ وباب شمالي ويعرف بباب الناطفيين.
وللشرقي والغربي والشمالي أيضا من هذه الأبواب دهاليز متسعة يفضى كل دهليز منها إلى باب عظيم كانت كلها مداخل للكنيسة فبقيت على حالها، وأعظمها منظرا الدهليز المتصل بباب جيرون يخرج من هذا الباب إلى بلاط طويل عريض قد قامت امامه خمسة أبواب مقوسة لها ستة أعمدة طوال وفي وجه اليسار منه مشهد كبير حفيل كان فيه رأس الحسين بن علي رضي الله عنهما ثم نقل إلى القاهرة وبازائه مسجد صغير بنسب لعمر بن عبد العزيز رضى الله عنه وبذلك المشهد ماء جار. وقد انتظمت أمام البلاط أدراج ينحدر عليها إلى الدهليز وهو كالخندق العظيم يتصل إلى باب عظيم الارتفاع ينحسر الطرف دونه سموا قد حفته أعمدة كالجزوع طولا وكالأطواد ضخامة.
وبجانبي هذا الدهليز أعمدة قد قامت عليها شوارع مستديرة فيها الحوانيت المنتظمة للعطارين وسواهم وعليها شوارع أخر مستطيلة فيها الحجر والبيوت