وكان شافعي المذهب وكان يلقب: بالمؤيد بالملكوت وكان يتهم باختلال العقيدة والتعطيل ويعتقد مذهب الحكماء المتقدمين واشتهر ذلك عنه فلما وصل إلى حلب أفتى علماؤها بإباحة دمه وقتله بسبب اعتقاده وما ظهر لهم من سوء مذهبه وكان أشد الجماعة عليه الشيخان: زين الدين ومجد الدين ابنا حميد.
قال سيف الدين الآمدي: اجتمعت به في حلب فقال لي: لا بد أن أملك الأرض فقلت له: من أين لك هذا؟ قال: رأيت في المنام كأني شربت ماء البحر فقلت: لعل هذا يكون اشتهار العلم وما يناسب هذا فرأيته لا يرجع عما وقع في نفسه ورأيته كثير العلم قليل العقل وقال: إنه لما تحقق القتل كان كثيرا ما ينشد:
أرى قدمي أراق دمي ... وهان دمي فها ندمي
وكان ذلك في دولة الملك المظفر - صاحب حلب - ابن السلطان صلاح الدين فحبسه ثم خنقه في خامس رجب سنة ٥٨٢هـ، بقلعة حلب وعمره ثمان وثلاثون سنة وكان الناس مختلفين في حقه.
منهم: من نسبه إلى الزندقة والإلحاد.
ومنهم: من يشهد له بحسن الاعتقاد.
قال القاضي بهاء الدين المعروف: بابن شداد - قاضي حلب -: إن السهروردي كان كثير التعظيم لشعائر الدين وأطال الكلام في ذلك وذكر نفسه في آخر التلويحات في وصايا ذكرها هناك: واتق شر من أحسنت إليه من اللئام ولقد أصابني منهم شدائد.
قال شارحها: أراد به بعضا من تلامذته الذين يصاحبون معه السفر والحضر وينقلون عنه أشياء مخالفة للشرع ولعل قتله كان بسبب هؤلاء - نسأل الله العفو والعافية في الدين والدنيا والآخرة وأن يجعلنا من أهل الحق والرشاد وأن يعصمنا من شر أهل الزيغ والفساد إنه ولي الهداية والإرشاد ومن كلامه: الفكر في صورة قدسية يتلطف بها طالب الأريحية ونواحي القدس دار لا يطأها القوم الجاهلون وحرام على الأجساد المظلمة أن تلج ملكوت السموات فوحد الله وأنت بتعظيمه ملآن واذكره وأنت من ملابس الأكوان عريان ولو كان في الوجود شمسان لانطمست الأركان وأبى النظام أن يكون غير ما كان:
فخفيت حتى قلت: لست بظاهر ... وظهرت من سعيي على الأكوان
لو علمنا أننا ما نلتقي ... لقضينا من سليمى وطرا
اللهم خلص لطيفي من هذا العالم الكثيف
وذكر له ابن خلكان أشعارا لطيفة لا نطول الكلام بذكرها ههنا.
أبو البركات البغدادي تقدم ترجمته تحت: علم المنطق فراجعه.
