تعرض الأقباط في مصر قبل الفتح الإسلامي لاضطهاد قاس على أيدي البيزنطيين، ومن ثم رأوا في القوة الإسلامية الداخلة، الأمل بالخلاص مما هم فيه، فساندوها، ورحبوا بدخول المسلمين أرض مصر، لكن هذه المساندة كانت صامتة في بادئ الأمر، أي حيادية.
وشكلت انتصارات المسلمين وإخضاعهم البلاد، نصرًا دينيا للأقباط حيث غادر البلاد عدد كبير من البيزنطيين، ولما استقرت الأوضاع، وكانت أخبار العهدة العمرية الخاصة ببيت المقدس قد تسربت إلى مصر، لقي الأقباط من الحكم الجديد ما شعروا معه بكثير من الحرية.
ولعل أول عمل قام به عمرو بن العاص بعد استقرار الأوضاع الداخلية؛ الإعلان بين الناس جميعًا أن لا إكراه في الدين، وأن حرية العقيدة أمر مقدس، فلن يتعرض لأحد في حريته، أو في ماله بسبب دينه أو مذهبه، وخيرهم بين الدخول في الإسلام والبقاء على دينهم، فمن يدخل في الإسلام يكون له ما للمسلمين، وعليه ما عليهم.
والواقع أن عمرًا انتهج سياسة المساواة الدينية بين المذهبين النصرانيين اللذين استمرا في مصر، وتذكر روايات المصادر أن كثيرًا من كنائس الملكانيين بقيت موجودة، واستمرت في إقامة الشعائر الدينية، وأن عددًا كبيرًا من الملكانيين فضلوا البقاء في مصر؛ وأن أسقفًا ملكانيًا بقي على مذهبه حتى مات لم يمسه أحد بأذى، وأن البطريرك القبطي بنيامين الذي عاد إلى الإسكندرية بعد أن قضى ثلاثة عشر عامًا