حادي عشر: ومن هذه الأسباب: اختلاف قراءات القرآن الكريم مما أدى إلى اختلاف الروايات في الآيات الواردة في «الصحيح» وذلك مرجعه إلى أمرين:
الأول: اختلاف العلماء في جواز تصحيح الخطأ الوارد في الآيات.
الثاني: اختلاف القراءات عند الرواة، فكل راو يكتب الآية على ما اشتهر عنده من قراءة للقرآن؛ ولذلك تجد كثيرًا من هذه الاختلافات في كتاب التفسير، حيث جاء فيه سياق البُخارِيّ لكثير من الآيات بقراءات مختلفة.
وفي القليل النادر وقعت اختلافات في سياق الآيات، وهذا ليس من قبيل القراءات، وقد سبق ذكرها بالتفصيل من حكم الرواية بالمعنى، وذلك مسوق على الحكاية لا على سياق آية، ولا شك أن ذلك السبب ينتج عنه خلط بين القراءات، كما ينتج عنه اختلاف نزول الآيات، مثل آية التيمم الواردة في سورة النساء والمائدة {فَلَمْ تَجِدُوا ماء فَتَيَمَّمُوا}، والتي سبق تفصيل القول فيها.
ثاني عشر: ومن أسباب وقوع كثير من الاختلاف في ضبط الكلمات وإعرابها، وجودُ بعض الكلمات في العربية تحتمل أكثر من ضبط لغوي أو أكثر من وجه إعرابي
ولقد أبدع العلامة اللغوي مالك أزمة اللغة ابن مالك النحوي حينما ألف كتابه «شواهد التوضيح لحل مشكلات الجامع الصحيح»؛ فقد ضمنه كل الكلمات والتراكيب اللغوية التي وقع فيها خلاف بين الرُّواة، ووجهها