لم يبين ابن الأمين في مقدمة كتابه المنهج الذي سار عليه، كما أنه لم يذكر بواعث تأليفه، إذ قصد مباشرة بعد البسملة، إلى تراجم الصحابة رضي الله عنهم موضوع الكتاب.
اعتمد ابن الأمين رحمه الله في ترتيب الاستدراك التبويب على الحروف الهجائية في الحرف الأول دون الالتزام بالترتيب في لحرف الثاني، وهكذا فقد قدم في ترتيبه من اسمه إسماعيل، وإبراهيم على من اسمه أبان، وأحمد، وفي حرف الخاء جعل خالدا تاليا لخلف، وقدم في حرف العين عمرا على علي، ولم يجعل ابن الأمين كل اسم تحت باب مستقل كأن يدرج في باب الحاء باب الحارث، وباب حبيب بل يجمعها كلها تحت باب الحاء، والترتيب الهجائي داخل كل باب مفقود في كل الكتاب، ولم يرتب أسماء الصحابة داخل أبوابها، بل إنه اكتفى بسردهم، فمثلا في باب الخاء بدأ بخبيب، ثم بعد ذلك ذكر خالدا، بل إنه أحيانا يسرد من ذكر مثلا في باب خالد أو أي اسم، ثم يخلص لذكر اسم آخر ثم يرجع ليذكر خالدا، ولعل سبب ذلك هو الإضافات والإلحاقات التي ألحقها فيما بعد حيث لم يضع كل ترجمة في مكانها المناسب، فكلما وجد اسم صحابي أدرجه، ولم يتأت له وضعه في مكانه. كما أنه لم يجعل لكل حرف بابا للأفراد كشأن من تقدمه، وكصنيع ابن عبد البر في استيعابه، بل ذكرها ضمن الحرف الواحد.
وقد خالف المصنف منهجه الذي سار عليه في ترتيب أسماء الصحابة على حسب حروف المعجم في اثني عشر موضعا، فأدخل مثلا القائف في باب الألف، وسنانا في باب الخاء، ومحاربا وشيبة في باب العين، ووهبا وثابتا في باب الميم وهكذا، وكان الأنسب ذكر كل اسم في مكانه. والملاحظ أن