وبعد تلك النكبة جمع ما بقي من الكتب من مختلف خزائن دمشق في المكتبة الظاهرية إلى جانب خزائنها القديمة، وقد توالت الأيدي على هذه الخزائن، ويعود الفضل الكبير إلى العلامة الشيخ طاهر الجزائري ١٢٦٨- ١٣٣٨هـ في صيانتها والاهتمام بها وحفظها. انظر خزائن الكتب العربية في الخافقين ١٢٨ ج١. ومخطوطات دار الكتب الظاهرية من أكثر مخطوطات دور الكتب في العالم، ومن أنفسها؛ ففيها مخطوطات نادرة وقيمة، وقد بلغت عدة المجلدات المخطوطةفيها ١١٤٢٥ أحد عشر ألف مجلدة وأربعمائة وخمسًا وشعرين مجلدة. تضم ما بين خمسين وستين ألف كتاب لأن فيها مجاميع كثيرة تتجاوز كتب بعضها العشرة، ومتوسط أكثرها ٤ - ٥ كتب في كل مجموع. وقد أكد لي هذا الدكتور عزة حسن مدير دار الكتب في صيف ١٣٩١هـ - ١٩٧١م. وقد طبع من فهارس مخطوطت دار الكتاب الظاهرية: فهرس التاريخ وملحقاته القسم الأول وفهرس علوم القرآن، وفهرس الشعر، وفهرس الفقه الشافعي، وفهرس الحديث، وفهرس الطب، وفهرس الهيئة والجغرافيا، وفهرس الفلسفة هذه ثمانية فهارس، وستصدر قريبًا فهارس الفقه الحنفي واللغة وعلومها والتاريخ القسم الثاني. ٢ كان المجمع العلمي العربي في دمشق قد أسس فرعًا في حلب للمكتبتين الظاهرية والعادلية، وبقيت الحال كذلك حتى سنة ١٣٥٦هـ ١٩٣٧م حيث أنشئت هذه الدار.