وقد ضمت مكتبة الأسكوريال بعضة آلاف مجلد سلمت من الحرق على يدي الأعداء المدمرين المخربين، ثم ضم غليها نحو أربعة آلاف مخطوط سنة ١٠٣٠هـ الموافق ١٦٢٠م؛ حين استولى بعض قراصنة الإسبان على مركب للسلطان زيدان سلطان فاس كانت تلك المخطوطات في جملة الآثار النفيسة التي سلبوها من ذلك المركب. وبهذا بلغت المخطوطات العربية في مكتبة الأسكوريال نحو عشرة آلاف مخطوط. وفي ٧ حزيان عام ١٦٧١م سقطت صاعقة على الدير أحرقت قسمًا كبيرًا من هذه الخطوطات، ولم يسلم منها سوى ألفي مجلد لا تزال إلى عصرنا في تلك الخزانة التاريخية. انظر خزائن الكتب العربية في الخافقين ص٢٢٢ - ٢٢٣ ج١، وص٥٩٥ ج٢ وص١٠٢٠ ج٣. ولمخطوطات مكتبة الأسكوريال فهرس في ثلاث مجلدات ضخمة؛ إلا أنه لم يستوعب جميع المخطوطات، فلا تزال بعض مجلدات في الطب والتاريخ الطبيعي والرياضيات والقضاء بحاجة إلى نشر فهرس فيها. وإلى جانب المخطوطات الكثيرة التي تضمها خزانة الأسكوريال؛ فإن فيها تحفا كتابية ليس لها مثيل في خزائن الشرق والغرب؛ ففيها خطوط كوفية وقيروانية وأندلسية ... ومصاحف مذهبة، ومخطوطات مصوة ومزخرفة.. وفيها جلود نفيسة وقماطر مطرزة أو مطعمة بالميناء، كما أن بعض المخطوطات جلدت بأديم الأفاعي وهذا من أندر أنواع التجليد وأغربها. انظر خزائن الكتب العربية في الخافقين ص٥٩٧ ج٢.