هو السيد/ رفاعه بن بدوى بن علي بن محمد ابن علي بن رافع، وهو شريف حسينى يتصل نسبه بالرسول عليه الصلاة والسلام عن طريق محمد الباقر بن علي زين العابدين ابن الحسين بن فاطمة الزهراء، أما أخواله فمن الأنصار.
ولد رفاعة الطهطاوى سنة (١٢١٦ هـ/ ١٨٠١ م) وهى السنة التى غادرت فيها حملة «نابليون بونابرت» مصر. ولد في بلدة طهطا، إحدى قرى مديرية سوهاج في صعيد مصر.
ولد رفاعه لأبوين كانا على قدر من اليسار لم يلبث أن زال بسبب سحب والي مصر محمد علي باشا ما كان بأيدى العلماء والأشراف من الالتزامات.
وقد دفعت الضائقة المالية أباه إلى ترك بلدته بحثا عن الرزق، وصاحب رفاعة أباه في هذه الجولة من قنا إلى جرجا، ثم عاد إلى طهطا بعد وفاة والده.
وهناك تعهده أخواله، فحفظ القران الكريم، وكتب المتون العلمية التى كانت معروفة يومئذ على يد نفر من أقاربه العلماء.
وفي سنة ١٢٣٢ هـ/ ١٨١٧ م وفد رفاعة إلى الأزهر يطلب العلم، وسنّه إذ ذاك تناهز السادسة عشرة سنة، واتصل منذ دخل الأزهر بشيخه الشيخ حسن العطار الذى احتضن تلميذه واختصه بمزيد من الرعاية لما أنسه فيه من الذكاء وحب العلم.
ولم تطل المدة بالفتى رفاعة في طلب العلم حتّى تخرّج في الأزهر (فى مدة لا تتجاوز الستة أعوام) ، ثم عمل سنتين بعد التخرج مدرسا في الأزهر، قام خلالها بتدريس كتب كثيرة في بعض العلوم الأزهرية، مثل الحديث، والمنطق، والبيان، والبديع، والعروض، وغيرها. وكان شيخا سلس الحديث، واضح العبارة، يفهم دروسه الكبير والصغير بلا مشقة.