وبعهد شنودة تعدت أهداف السحر الأسود المعتمد من رهبان كنيسته المرتدة عن المسيحية رعايا كنيسته لتشمل المسلمين .. ولكن ليست دائما تجرى الرياح بما تشتهي السفن .. فجأه تمرد القمص باخوم عبده على تلك المهام الشيطانية وأراد أن يعلن توبته عن أفعاله وممارسته للدجل والشعوذة وتطهير كنيسته من القيام بتلك المهام النجسة الخاصة بالسحر الأسود ..
لم يكن الأمر بتلك السهولة قامت إدارة كنيسته بإبلاغ قيادتها بتمرد القمص .. وأصدرت الأوامر بتوبيخه ونهره وإنذاره عن التصريح بالاعتراف باعتماد الكنيسة للسحر الأسود في سياسة إدارتها .. وتركت له الأمر إن أراد أن يتوقف عن ممارسته ويكتفي بعمله دون أن يعلن التفاصيل المتعلقة بهذا الأمر الخطير .. وتم نقله إلى كنيسة الأقصر ليراجع توجهاته ويبدأ من جديد .. وانتقل القمص باخوم إلى كنيسة الأقصر وتوقف عن تلك الأعمال ..
لكن الأوضاع بكنيسة الأقصر أسوأ وأضل سبيلا .. رؤيته ومشاهدته لتلك الممارسات الشيطانية وتغرير الكهنة لزوار الكنيسة أقباط ومسلمين فاقت كل الحدود ولم يستطع أن يحتفظ بصمته طويلا وهو يرى المئات بل الآلاف من البسطاء يفتنون بأعمال شيطانية لا تمت إلى المسيحية ومرفوضة ومسمومة لكونها أعمال سحر وكفر ولا تليق بكهنة من المفترض أن تقتصر أعمالهم على الصلوات بدلا من التماس الحوائج بالسحر والشعوذة ..
هب القمص باخوم بكل قوته وأعلن تمرده واحتجاجه علانية .. وهدد باللجوء إلى القانون وفضح الأمور .. وبكل سرعة وقوة تم تجريده وطرده من السلك الكهنوتي .. وبدأت المفاوضات معه لالتزام بيته وترك الكنيسة وشئونها وسياستها في إدارة الأمور ..
لم يذعن لنصائح الكهنة ورفض محاولاتهم وأعلن تمرده واستنكاره لأفعال الكنيسة وقيادتها .. تركت أمور المفاوضات لبلطجية من العلمانيين (خارج سلك الكهنوت) من تلامذة شنوده ورهبانه والمخلصين لفكر كنيسة الأمة القبطية .. من المتحمسين لكل أفكارها ..
أرسلت الكنيسة أحد البلطجية من حماة الكنيسة والذي كان أحد العاملين بكنيسة دشنا .. وتعهد بالقيام بتلك المهمة ونهر القمص باخوم عن مواصلة تمرده المعلن .. واستمرت المفاوضات والَّتِي باءت بالفشل إثر إصرار القمص باخوم عبده جرجس ٦٠ عاما على رفضه لممارسات الكنيسة وأي تهديدات من قبلها .. تم ممارسة الضغوط عليه بمحاضر (ممارسات تأخذ صفة قانونية) واتهامه بالابتزاز وتهم أخرى .. لم يستسلم وأصر على التصدى لأعمال الكنيسة .. ووضعت نهاية للمفاوضات في ١٧ سبتمبر ٢٠٠٢ بإشعال النار في منزل القمص بعد أن قتله مبعوث الكنيسة ملاك زكريا أرمانيوس ٣٣ عاما خدمة لكنيسة الرب وأشعل النار بجثته ومنزله وانتهت التحقيقات بإجماع شهود الكنيسة على أن القاتل مختل عقليا ومريض نفسيا وغير مسئول عن أفعاله .. وألقوا على القتيل بالتُّهم والمسئولية ..