وأصدر بابا الأقباط النصارى كيرلس السادس تعليماته وأوامره بمنع الراهب أنطونيوس السرياني (بابا الأقباط النصارى شنودة حاليا) من إلقاء دروس الآحاد أو محاضرات في الكلية الإكليريكية والَّتِي كانت تخرج تلامذة ومعلمين لفكر جماعة الأمة القبطية ..
ولكن الراهب أنطونيوس السرياني أصر على وجوده في منصبه كأسقف للتعليم تنفيذا لأوامر رهبان الجماعة ورفض مغادرة قاعات التدريس في الكلية الإكليريكية أو التوقف عن دروس الآحاد وإصدار الجريدة القبطية الَّتِي كان يشرف على تحريرها ..
وازداد إصرار كيرلس السادس على إلزام الراهب أنطونيوس السرياني بتنفيذ أوامر بابا الكنيسة .. وتم إخراجه من القاعات بالقوة من قبل العاملين تنفيذا لأوامر بابا الكنيسة والذين كانوا يجهلون الكثير عن تفاصيل وسياسات رهبان تلك الجماعة .. ولكن الأخير كان أشدّ إصرارًا وتحديا لتعاليم بابا الأقباط النصارى وأكثر ولاءًا لرهبانه بالأديرة فخرج بتلاميذه إلى فناء الكلية واستكمل محاضراته خارج القاعات في تحدٍ سافر لتعاليم البطريرك .. وقاد جبهة معارضة قوية من قساوسة وبطانة كيرلس المواليين لفكر الجماعة وقاد تلك الحملة معه معلمه الراهب متَّى المِسكين ..
واشتدت حدة الصراع ومرة أخرى كاد أن يحدث شرخًا وانشقاقًا بالكنيسة .. وقام بابا الأقباط النصارى بكل تحدى وإصرار للقضاء على فكر تلك الجماعة المتطرفة وانتزاع شرورها وتواجدها من الكنيسة ..
ومحاولة منه لاستعادة صفاء ونقاء الكنيسة وأتباعها أصدر قرارات جريئة وغاية من القوة على إثرها جرد الراهب متَّى المِسكين وتلاميذه وعلى رأسهم الراهب أنطونيوس السرياني من مكانتهم الكهنوتية .. والذين لجأوا للإقامة مع بعض رهبان جماعة الأمة القبطية بمنطقة صحراء القلمون بالمنيا ..
ولم تكن لقيادات جماعة الأمة القبطية والَّتِي أتت بكيرلس السادس (الراهب مينا المتوحد سابقا) على رأس كنيسة الأقباط النصارى لينقلب عليهم .. ولم يكن لرهبانها ليتركوا له الحكم ولا أن يتراجعوا بعد أن حققوا تقدما وخطوات مصيرية في تاريخ الجماعة .. وبخطوات سريعة جادة أصدروا أوامرهم للموالين لهم والذين كانت لهم السطوة والأغلبية بين رجال الكنيسة .. أصدرت لهم الأوامر بالإمساك بمقاليد حكم الكنيسة وانتزاع سلطات البابا والاحتفاظ به كواجهة ورمزٍ فقط للكنيسة وعصيان أوامره وتنفيذ كل التوجيهات والتعليمات الَّتِي تصل لهم من رهبان جماعة الأمة القبطية المنحرفة ..