كما أصدرت الأوامر لكل الرهبان ورجال الكهنوت الموقوفين والمطرودين والمشلوحين من قبل بابا الأقباط النصارى بسرعة العودة إلى مناصبهم بالكنائس والإمساك بزمام الأمور .. وإعادة عزل ونفي الأساقفة ورجال الدين الذين عينوا من قبل كيرلس السادس ..
وبسرعة عاد الراهب أنطونيوس السرياني (شنودة حاليا) وأمسك بقوة بزمام الكنيسة وكانت تلك السنوات الأخيرة من حياة كيرلس السادس بابا الكنيسة شاهدة على خلافات حادة داخل الكنيسة يقال أنها شهدت تصفيات جسدية لبعض رموز الكنيسة بالستينيات بكثير من محافظات الوجه البحرى ومنها محافظة الدقهلية والَّتِي شيع أبنائها أحد رموز كنيستهم دون أن يدروا بتفاصيل تلك الخلافات الداخلية والصراعات المميتة بين الرهبان .. ورفض الراهب متَّى المِسكين العودة لمنصبة والدخول في صراعات لا يعرف مداها ولا يأمن على نفسه منها وخاصة أنه كان أكثرهم علما بمدى ذكاء معلمه كيرلس السادس وأكثرهم معرفة بطبيعته وإصراره وقوته وعناده في تحدى الظروف المحيطة بها للوصول إلى أهدافه .. وخاصة ان كيرلس السادس كان من أقوى أتباع جماعة الأمة القبطية إخلاصا لها وأكثرهم معرفة بأدق أسرارها وتفاصيلها .. لذا فضل الراهب متَّى المِسكين أن ينأى بنفسه بعيدا عن تلك الخلافات ويترقب التطورات عن بعد وينظر لمن ستميل كفة حكم الكنيسة له حرصا على أمنه وحياته .. وذهب معه من تبقى من تلاميذه ممن راق لهم موقفه وأسلوبه في التعامل مع الأحداث .. وانتقل بهم لوادي الريان بالفيوم بأحد أماكن الأقباط النصارى البعيدة عن العمران ..
ولم يستسلم كيرلس السادس واستغل التفاف شعبه من رعايا الكنيسة حولة ومخافة بطانته وأعوان الجماعة من افتضاح أمرهم .. وأرسل إلى متَّى المِسكين يحذره تحذيرا شديد اللهجة ملقبًا إياه بالراهب متى المسكون .. مطالبا إياه بالابتعاد ... وتلاميذه عن الكنيسة ظنا منه أنه المخطط والمحرك الأساسي للراهب أنطونيوس السرياني (شنودة حاليا) .. ومؤكدا على ضرورة التزامهم وطاعتهم لأوامر بابا الكنيسة والعودة وتلاميذه إلى أحد الأديرة الَّتِي تحت إدارته .. وكان يطلق على الراهب متَّى المِسكين لفظ متى المسكون أي مسكون بالشياطين والشرور هذا اللقب الذي اطلق عليه عهد الأنبا يوساب الثاني ..
وكان كيرلس السادس يرى الشر كل الشر في الراهب متى المسكون وتلاميذه ويصفهم بأن الشياطين تلبست أجسادهم من فرط انعزالهم بالأماكن المهجورة والبعيدة عن الماء والطهارة وانقيادهم لرهبان جماعة الأمة القبطية الأكثر منهم قذارة ودناسة ..
وأمام رفض الراهب متَّى المِسكين الانقياد لأوامره والاحتماء برهبان جماعة الأمة القبطية .. قام كيرلس السادس بكل تحدى وإصرار بالتجريس بمتَّى المِسكين وتلاميذه ونشر قرار في جريدة الاهرام الصحيفة الاولى بمصر يجرد الراهب متَّى المِسكين وتلاميذه من رتبتهم الكهنوتية ومن انتمائهم إلى الرهبانية .. وكانت صفعة ذكية منه على وجوه رهبان جماعة الأمة