شهدت فترة حكم الأنبا يوساب الثاني مرحلة من الصراعات المريرة داخل الكنيسة القبطية بين قيادات الكنيسة القبطية والجماعة المنحرفة الإجرامية المسماه بالأمة القبطية .. صراعات تفوق كل الاحتمالات كان لها أسوأ الأثر على الكنيسة ... والأقباط النصارى وأحدثت انشقاقات وتصدعات تسببت في خروج بعض الأقباط النصارى عنها وانضمامهم إلى كنائس الملل المسيحية الأخرى .. حيث وجدوا بعض الروحانيات المسيحية الَّتِي افتقدوها في كنيستهم الام بعد أن شاعت بها المؤامرات والخطب التحريضية والكراهية لغير القبطي من قبل أعضاء تلك الجماعة المندسين والَّتِي فاق عددهم الكثير .. ورغم هذا الجو المشحون بالصراعات لم ييأس الأنبا يوساب وأعوانه بل ظلوا على منهجهم في محاولة استعادة روحانيات الكنيسة والمحافظة على أتباعها والتصدى بكل ما لديهم من قوة لأفكار تلك الجماعة .. ولم يكن نهج تلك الجماعة أقل قوة وإصرارًا على التمسك بأفكارها وأهدافها ولم تكن لتتراجع بعد أن قطعت مسافات طويلة حققت فيها نجاحات وقفزات سريعة للوصول للهدف من منظورها ..
واشتدت ضغوط أتباع تلك الجماعة على قيادات الكنيسة بكل السبل ومن كل الجوانب .. محاولين مساومة بطريرك الكنيسة الأنبا يوساب الثاني وحاشيته على التصافي بينهم وترك المنازعات الَّتِي تضر بالكنيسة وأن يحتفظ بمكانته البابوية بكل رجاله بصورة شكلية ويترك لهم حكم وإدارة الأمور بها .. على أن تنحصر مهمته ورجاله في الاهتمام بالأمور الروحانية للكنيسة من صلوات وإقامة القداس والأعياد وغيرها .. وهي الأمور الَّتِي تميز بها .. ورفض الأنبا يوساب لأنه لا يجب أن تكون هناك أمور وقوانين أخرى مخترقة تحكم بها الكنيسة من رؤيته غير قوانين وتعاليم المسيحية الارثوذوكسية القبطية والَّتِي دامت قرون منذ أن صيغت على لسان القديس تيموثاوس بابا الإسكندرية سنة ٣٨١ م أي في القرن الرابع الميلادي .. حين وجهت له اسئلة وأصبحت كل إجابة خرجت من فمه هي قانون للكنيسة القبطية والَّتِي أصبحت تسمي بقوانين القديس تيموثاوس .. والَّتِي حكمت بها الكنيسة القبطية كل تلك القرون إلى أن تولاها الأب يوساب .. ورفض بكل قوة المزايدة على تلك القوانين أو اختراقها بأفكار عنصرية هدامة ..
وكان المجلس المِلِّي في ذلك الوقت مخترقًا من العلمانيين غير رجال الكنيسة من المتأثريين بأفكار جماعة الأمة القبطية .. امثال إبراهيم فهمي وحبيب باشا والمنياوي باشا ونخبة من ذوي المناصب والمال وأصحاب الأحزاب السياسية الذين