استطاع بطريرك الأقباط النصارى كيرلس السادس أن يحقق إنجازات وقفزات ونجاحات لفكر جماعة الأمة القبطية المتطرفة وتنفيذ كل توجيهات وتعاليم اسياده من رهبان الجماعة بكل تفان وإخلاص وسيطر سيطرة كاملة على الكنيسة ورعاياها ما عدا اجزاء صغيرة بالوجه القبلى ....
كما بذل الجهد لاستعادة العلاقات مع الكنيسة الاثيوبية محاولا ترسيم أساقفة لها وبطريركا كما كان الحال خلال العصور الماضية .. وساعده في ذلك بطانته وتلاميذه المخلصين لفكر الجماعة والتفاف الأقباط النصارى وافتتانهم به وبرجال الكنيسة ...
ولكن بشكل غير متوقع لجميع المحيطين والمقربين منه .. حدث تغيير مفاجىء في منهجه الفكرى .. ولأسباب مجهوله تمرد على أفكار الجماعة ونبذها وأصبح من أشدّ الكارهين لها ..
فكانت مرحلة ردة عن أفكارها وتعاليمها وإصرارًا منه على مخالفة توجيهات قيادات الجماعة محاولا استرجاع قوانين وتعاليم الكنيسة والاستقلال بها بعيدا عن أفكار تلك الجماعة المنحرفة .. وبذل الجهد لتصحيح كل ما اقترفه في حق رجالها الذين نفاهم وأبعدهم عن مكاناتهم الكهنوتية بعد الأنبا يوساب .. أحد رجال الكنيسة المشلوحين حاليا والذي كان من المقربين له قال أن تمرد بابا الأقباط النصارى كيرلس السادس على فكر جماعة الأمة القبطية لم يكن فجائيا .. ولكن كانت تنتابه أوقات يخلو فيها إلى نفسه ويشعر بندم شديد لما اقترفه في حق الكنيسة وتعاليمها وموالاته لجماعة متطرفة مرتدة بعنصريتها عن المسيحية وخارجة عنها .. ولكن سرعان ما كان ينفض تلك المشاعر ويعود إلى حالته وولائة بعد كل زيارة يقوم بها لرهبان الجماعة في الأديرة ..
ولكن تلك المرحلة في سنواته الأخيرة كانت غريبة في غموضها لكل المقربين منه .. كانت تنتابه حالات حزن شديد وإحساس بالذنب لمخالفته الكثير من التعاليم المسيحية واحلالها بتعاليم الجماعة .. وكان يحاول من خلال موقعه تغيير كل المفاهيم والأوضاع الَّتِي سادت الكنيسة والَّتِي ساهم بالأمس بكل جهده في تعميمها وترسيخها .. وشهدت سنوات حكمه الأخيرة قرارات ذهل لها تلاميذه وأتباعه .. وحدث أن تمرد عليه الكثير من تلاميذه وبطانته بتوجيهات من قيادات الجماعة ورهبانها .. ولكن بشخصيته المعهودة في التحدى والإصرار والقوة في اتخاذ القرارات أرغم رجال الكنيسة على تطبيق وتنفيذ